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Transcript Model

Transcript Id

Phmamm.CG.MTP2014.S36.g01410.01.t

Possible name(s)

RNF139; RNF145; SYVN1

Gene model

Phmamm.CG.MTP2014.S36.g01410

Location

S36 [114,460 / 119,181]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 645

>Phmamm.CG.MTP2014.S36.g01410.01.p
MEDTKLTQMGLGIILRTPGVVMIEMLYMEAISLQNLTVLSNSFFVTAFNPDVLLYLIAWS
LVLMPLRILLKVYLHVVAGLCIIGSHYALFNLLVKRKIFEDNKDLNYYLQLNTSVQSEPW
AKVACQHGAMDNCVSVFLFQVFLTLLSCWMIKSQSTKLMLYVWPLVPWITGGYSSTTLVQ
MLQLCHLLSIATVVFYLTSKVEQVILQAKLMVLKIKLVIGIFGWQGIITWAQEEYRVQYL
LITCWVLRYTVQLYSNFYTSISLDGLYYSLFNMLDMNPTEMSNIASLIFVGFYTAVQCLT
TTVNLFGLACIVKDVVRLQYFLIRSWLHWSVTDHPPDSVSGPLTGAIDGVTLLIMTLYTD
ILHFNDEGRFVLLIYILFTIASSQFQSIFSIVDPILMTLATAHTGSVWKHIRTVLLAFLL
LFISGLLSYISLFTMRSTFWIFIVAYNYINTFSLMLGSLAIYFILMIDYLTIRGWNSLDD
VMFYIRGACRAVEFCVTLCMCGYIMMTFYTEMTSMAGIIMLAVYTYYCIVQRGGKGWKIW
TMRRQASNKVCSLPQASKKDLIEKKGDLCPICYQGMEADVRIMHCGHLFHENCLKKWFYI
QDKCPMCYMEYNPNLNASKLKAGNESEHVSDNNATSPEPSESENT

Nucleotide sequence

Length: 4,116

>Phmamm.CG.MTP2014.S36.g01410.01.t
GTTGGGTACCTAGCTGTTTAAATACCATAAAGTGAGATAAAAATTCATTATGATGTGGTA
CAAAACTTGGTAGTATTCATTTCATTGTGATTTTCAGGCTGTTGAAATATAAATCCGATT
TGACTTCCATTACATTTAAAAGAGTGCACCAGCACTGTGATGAACCTGTCATTAAGTTGA
TGTTTTTCTTTGACAAGAGCTTCATGTAAGCAGCCTGTAATGGAGGACACCAAGCTGACA
CAAATGGGCCTTGGAATAATTTTAAGAACTCCAGGAGTCGTAATGATTGAAATGCTGTAC
ATGGAAGCAATATCTTTGCAGAACTTGACAGTGTTGTCAAACAGCTTTTTTGTGACTGCC
TTCAACCCAGATGTTCTACTCTATTTGATTGCATGGTCTTTGGTTCTAATGCCACTAAGA
ATTCTCCTAAAAGTTTATTTGCATGTTGTGGCAGGGCTATGCATTATTGGCAGTCATTAT
GCTTTATTCAATTTGCTTGTAAAGAGAAAGATTTTTGAAGATAATAAAGACCTGAATTAT
TACCTACAGTTAAATACTTCTGTACAAAGTGAACCTTGGGCTAAAGTTGCCTGCCAGCAT
GGTGCCATGGACAATTGTGTTTCGGTGTTCCTTTTTCAAGTGTTTTTGACATTGTTGTCG
TGTTGGATGATAAAGAGTCAAAGTACCAAGCTGATGTTATATGTGTGGCCTCTTGTTCCA
TGGATAACTGGTGGTTATTCCTCAACAACCTTAGTTCAGATGTTGCAGCTTTGCCATTTG
TTGTCAATCGCCACTGTGGTCTTTTACCTGACTTCCAAAGTAGAACAAGTGATTTTGCAA
GCAAAACTGATGGTGCTAAAAATCAAACTTGTTATTGGTATATTTGGATGGCAAGGAATC
ATTACTTGGGCCCAGGAAGAATACAGGGTTCAGTATTTATTGATTACCTGTTGGGTGTTA
AGATACACTGTGCAGTTATATTCTAACTTCTATACAAGCATTTCATTGGATGGACTGTAT
TATTCCCTTTTCAACATGCTCGATATGAATCCTACAGAAATGTCCAACATTGCTTCCTTG
ATTTTTGTTGGCTTTTATACTGCAGTACAATGTCTGACAACAACTGTAAATTTGTTTGGA
CTTGCTTGCATTGTCAAAGATGTTGTGAGGTTGCAGTATTTTTTGATAAGGTCTTGGTTA
CATTGGTCAGTTACTGACCATCCTCCTGACTCAGTGAGTGGACCTTTAACAGGTGCTATC
GATGGAGTCACACTGTTGATTATGACACTTTACACAGATATCTTACATTTCAATGATGAG
GGTCGATTTGTCCTTTTAATCTACATCTTATTTACAATAGCATCTTCCCAGTTTCAGAGT
ATTTTCAGCATTGTGGATCCCATCTTAATGACATTAGCAACAGCCCACACAGGTTCAGTG
TGGAAGCATATTAGAACAGTGCTCCTTGCCTTTCTGCTTCTTTTTATTTCAGGTCTTCTT
TCCTACATTTCACTTTTTACAATGAGGTCCACATTTTGGATATTTATTGTGGCTTACAAT
TACATCAACACCTTCTCTTTAATGTTGGGATCGTTAGCAATTTATTTCATATTGATGATT
GACTATTTGACAATTCGCGGGTGGAATAGCTTGGATGATGTCATGTTTTACATCCGTGGT
GCTTGTAGAGCTGTTGAATTTTGTGTTACACTGTGTATGTGTGGTTATATCATGATGACC
TTCTATACCGAAATGACAAGCATGGCTGGCATAATAATGCTGGCTGTGTACACTTACTAC
TGCATAGTGCAAAGAGGTGGTAAAGGTTGGAAAATTTGGACAATGAGAAGGCAGGCATCC
AATAAAGTTTGCTCCCTTCCCCAAGCTTCCAAAAAAGACTTAATCGAAAAGAAAGGTGAC
CTTTGCCCCATATGCTACCAGGGTATGGAAGCTGATGTCAGGATAATGCATTGTGGTCAC
CTTTTCCATGAAAATTGTCTGAAGAAATGGTTTTACATTCAGGATAAATGTCCCATGTGT
TATATGGAATATAATCCGAACTTAAATGCATCGAAGCTAAAAGCAGGCAATGAAAGCGAA
CATGTTTCAGATAATAATGCAACCTCGCCAGAGCCTTCAGAGAGTGAAAACACATGAATA
GTTGTGGTATGCTGTATTTTGACACTTGAAATAAACAGAGACACACAATAAGTGCAAAAA
TACAGTAACATACTACAATTTCATTTTATGTTGACAATATTTTATCCATGTTTTTGCAAC
AATAAAAAGTTTATGTGCACACATGTATGTCAGACTCGATTGCCAGTATGCAAAAAAAAT
GAATTTCACATAATGCCTTGAAAATAAAAACAACAGTGGATACAAAGCATGAAATTTAAA
TATATGTTTATTTAAAAAAGAAAATGGCACCATTTTTGTGTTGATGACTTGGTGCTAGGA
GCGTTTACCATGGTCACACCAAGGTGTTTTGTCTTTGTCGCATTGAAGTTCAACGTTATA
AATAGTCACTTGAGCTTCATCTATCGAAATTGTTCTTTTGGACTCCAAAGAATATTGCAC
TGTGTCAAATCCAGTCTCAACATCTCTTTTAAATTGCACCTGGGACAAAACACCTTTTTA
ATAGCATAGAATAAAAAACTACAATTTGCTTCTTTACCTTTTTTTGGTCCCCATACCGGT
TGTAATCTCTAGGCCTTCGCTCTTTGTTGTGAATGTGTTTAAAAGTGTCATAGCCTGTCG
TCAGACCAGTGGGTCGATACAGCTGTGAATAAAACATAAAAAAGGTTATAGGCCAACGCC
TACATACAAATGACATACCGACTACACTTACTTTCAGTTGATTGTCCTTGTACCTTAAAA
AAAGTTCATCATCCTCACGACCCCATCCCCAAAATATGTTTGACATTCCTCTGCACTAAA
TTGTAACTTTGTTACCATACAAAGTTTTTTATGGGTAAAAGTAATATCTCATACCAATTT
GAAATGTTCATTGGTCATCATGAGGACTCCTCCAATGTAGGTTTTGTAATGATACATGGG
ATGGTACTCCGGTGATGCTAAATGATAAGGACCCTGCCAAAAAAGGTATTCTTAAACAAT
CATTCTAGTTTAGTGCTGTCTTGAGGTACATAACTTACATCTGGGTGGTAACGATAAAGG
AGGTCTGGGTTATTGGGAAGTAGATCAACATCATGCATTACCAAATAGTCGCATTCATCC
TTGGACATTAAGTATCCTATATTGATCAATGATGCTCGATTGAACCTGTATGCAGCAAAT
GTGGCTCAACATCAATTGTGTTGGTTTTATGAAATGTTTAGGTACCTGTGCATGTCAACC
TGGTTTACAACCACCAGCTTGTGTGGAATTTTTTGGGCATTAAGAAACTTATGAATCCAG
GGAATAAATACCATAAGTTCTTCAAAGCGGTCACGAAATGGCACAATAACTGCAAGTTTT
TGTGCCTGCCAAGTATTATCAGGTTCCTTGGACTCTCTATAACGCAACAAATACAACTAA
AAACATTGTAAAATTTAAATATTAGCACATCAATCTATTCAAATCTTGTACATACTTGAC
AACTTGGTTTTCTTTTTTAACTTCATGTTGTTGATGAACTGACTTAACGTTTTGAGAATC
TTGATTATCACAGCTAAACAATATGTGCATTGCTGTGATACCGAAGACGGTAAAACACAA
AAGCGCAAATTTCGTTGTTGAAATTCGAACCATCCTTGCTCATACTTTCAAACTGAATTC
ATGATTCGTAACCGTTATGTATTACAGAACTGTTGCGATTTCCTTGCTCTCACTAATGGT
TTCTTGACACGTAAGAAAGTGGACAACACCGCGTTTTTTTGTCGTTTCATTTGCTAACGT
AGACGGCTGGTGCTACTGTCGTTGTTTCACCATTGTATTTTCGAGATTCTGTTAACTTAA
GGCGTCCACACTCCACCGTGTCAGACTATGAGCGCTGCTCGTAACGTCGCAAGTTGTGTA
CACGGCGGCGGCGCACACATGGGATGTTTTGCTTGATGACCCACCCGCTACGTGTATTTC
CTGCATATTTACAGGCGTGCTTGGAAGCATGTAATC

InterProScan

Pfam
TRC8_N_dom (IPR025754) - T[11-537] 1.4E-56
Gene3D
Znf_RING/FYVE/PHD (IPR013083) - T[542-618] 1.1E-14
SMART
Znf_RING-CH (IPR011016) - T[568-608] 0.0062
Pfam
Znf_RING (IPR001841) - T[568-607] 3.8E-10
ProSiteProfiles
Znf_RING (IPR001841) - T[569-607] 12.165
SMART
Znf_RING (IPR001841) - T[569-607] 1.0E-8

Best Blast Hits in UniProt
Protein Name Identity Bit Score e-value
RN139_HUMAN 25.664 % 145 9.43E-37
RN145_HUMAN 27.356 % 202 2.01E-56