Aniseed - Transcript Card

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Transcript Model

Transcript Id

Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195.01.t

Possible name(s)

RAB1A; RAB1B; RAB8A

Gene model

Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195

Location

S2873 [4,760 / 13,809]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 204

>Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195.01.p
MTMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIK
LQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVRQWLQEIDRYASENVNKLL
VGNKCDLTTKKVVDYTTAKEYADTLKIPFLETSAKTANNVEQAFMTMAAEIKNRMGPGTA
ASPGQRANVDITSKPVDGNKGGCC

Nucleotide sequence

Length: 1,925

>Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195.01.t
TCTTAAATTTGCACGGATTACAAGGAAAAATCTTAAATATTGCCCAGGGGATAAATTCTT
CACGTATTTTTTCCAAACTAGTGTACACTCCCTAAATGCTATGGACAACCTGTAAATATT
TTGTGGCCATTATTGCAAACCTGTAAATACCAGTAGACTGCTGTTTTTGTAAAAATGTTG
CCGATTGGGGCTATTTCGGTTGGGGTAAGGGTACAGCTGTCAACAGTTACAGCAGTCAAG
TGGTATTTGCTGAAAACCCACATTTGATTTCATGAGTGGGTAAAACAAATTTAAATTTGC
CCTTGTGATAGAAAAAGTTGTGCCCAGGGTTTAATCCAAAACATATTTAAAAGTGTGTTC
AGATGCCGTCCATCCAGTGGCTTCATGTCTTGCTTGGTTGTTGTTTTGGTACCTTTTTGT
TTGTTGTTTTGCCCCTGTGCTCATCTTAGCCATTTAGTTTCGGGACACGATTAACAAATC
TGGTTAATTGCATGAAAAGCTCAGCAATTTGGTCAAGGGTTTTCTGGCAGAAGTTGCTGC
TTGATTGTCAGCATGGCTACCATCACCATAGTTTACTGCAGGTCAAATTTGTTTTGGATA
ATTTTGCCATTCTGCTGTTTCAAAAACTGCTTATTTGATATAAAAGCAGAAAACAGTGTG
TGCATCTTTTCAGGTCGTACAAGATAGGTCATGACAATGAATCCTGAGTATGATTACCTC
TTCAAGTTGCTGCTGATTGGAGATTCTGGAGTAGGAAAGTCTTGTTTGCTGTTACGATTT
GCAGATGATACATACACTGAGAGCTACATCAGTACTATTGGAGTTGATTTCAAGATTAGA
ACAATTGAGCTTGATGGAAAAACGATTAAACTTCAAATTTGGGACACAGCAGGCCAAGAA
AGATTTCGAACCATAACATCGAGCTACTACAGGGGTGCCCATGGTATCATTGTTGTGTAT
GATGTTACTGACCAAGAATCCTTCAATAATGTAAGGCAATGGCTTCAGGAAATAGATAGA
TATGCCAGTGAAAATGTTAACAAGCTGCTTGTTGGAAACAAATGTGACCTAACCACAAAG
AAAGTTGTCGACTACACAACTGCAAAGGAATATGCTGATACCTTAAAAATTCCCTTCCTT
GAAACAAGCGCAAAGACAGCTAACAATGTGGAACAAGCTTTTATGACAATGGCAGCTGAA
ATCAAAAATCGAATGGGTCCTGGAACAGCAGCCTCACCTGGTCAACGCGCGAATGTTGAC
ATAACAAGTAAACCTGTGGATGGAAACAAAGGTGGGTGCTGTTAATGGGGCAACCCTGTT
TTACTTGGACTGACTCATTCAGTTTGGAACTACTCCAATTGGCTGATGCAAGCAAATATC
TGTGCTTTAAGTTGCATATCAGTCATATAATTGCTGTCTGGATCTTCGGATACTTTCATG
TCATTACTGTGGGATGATGCTGGATAAAATTGCTATTTGCTTCTTGATGTTTTTAAGTAC
ATCAATGTCTCCTTGTCTTTATGTATTAATTGTCAACAAAGTTGTTACAAATGTACACAC
ATGACATTCGGATCAGAATTTGTGAGTACAATCTCGTCATTAACTGCAATTGTTTTGTGA
CTACATTGAAGGCAATATTTAAAATTGTAAGATGCATCATTGTGTGGTTAGTGGTTAAAA
GACATTTGTATGTAATTGTTAGCCCTCATACACCCACGCTTGGCCATAGTTAAATTATTC
CTTGGTGGTTTCTTTGCTTTTTTGATGCATTAGTGTTGTCAGTGTGTAAATATGTTTATT
ATTACCACCTTTATTGACTTTATTGCTATCTTTCCATTCATAGATAGAAATATTCACTTA
TATTTTACAGTGACCACTACTTGATTATTAATGTGCTGTGTACTGTTTGTTCATGATTGT
GTTGA

InterProScan

SUPERFAMILY	P-loop_NTPase (IPR027417) - T[6-182] 1.39E-67
TIGRFAM	Small_GTP-bd_dom (IPR005225) - T[9-167] 1.7E-35
Pfam	Small_GTPase (IPR001806) - T[12-172] 2.9E-67

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
RAB1A_HUMAN	88.177 %	376	4.31E-135
RAB1B_HUMAN	88.614 %	363	3.71E-130
RAB1C_HUMAN	84.158 %	343	2.59E-122