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Transcript Model

Transcript Id

Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195.01.t

Possible name(s)

RAB1A; RAB1B; RAB8A

Gene model

Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195

Location

S2873 [4,760 / 13,809]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 204

>Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195.01.p
MTMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIK
LQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVRQWLQEIDRYASENVNKLL
VGNKCDLTTKKVVDYTTAKEYADTLKIPFLETSAKTANNVEQAFMTMAAEIKNRMGPGTA
ASPGQRANVDITSKPVDGNKGGCC

Nucleotide sequence

Length: 1,925

>Phmamm.CG.MTP2014.S2873.g17195.01.t
TCTTAAATTTGCACGGATTACAAGGAAAAATCTTAAATATTGCCCAGGGGATAAATTCTT
CACGTATTTTTTCCAAACTAGTGTACACTCCCTAAATGCTATGGACAACCTGTAAATATT
TTGTGGCCATTATTGCAAACCTGTAAATACCAGTAGACTGCTGTTTTTGTAAAAATGTTG
CCGATTGGGGCTATTTCGGTTGGGGTAAGGGTACAGCTGTCAACAGTTACAGCAGTCAAG
TGGTATTTGCTGAAAACCCACATTTGATTTCATGAGTGGGTAAAACAAATTTAAATTTGC
CCTTGTGATAGAAAAAGTTGTGCCCAGGGTTTAATCCAAAACATATTTAAAAGTGTGTTC
AGATGCCGTCCATCCAGTGGCTTCATGTCTTGCTTGGTTGTTGTTTTGGTACCTTTTTGT
TTGTTGTTTTGCCCCTGTGCTCATCTTAGCCATTTAGTTTCGGGACACGATTAACAAATC
TGGTTAATTGCATGAAAAGCTCAGCAATTTGGTCAAGGGTTTTCTGGCAGAAGTTGCTGC
TTGATTGTCAGCATGGCTACCATCACCATAGTTTACTGCAGGTCAAATTTGTTTTGGATA
ATTTTGCCATTCTGCTGTTTCAAAAACTGCTTATTTGATATAAAAGCAGAAAACAGTGTG
TGCATCTTTTCAGGTCGTACAAGATAGGTCATGACAATGAATCCTGAGTATGATTACCTC
TTCAAGTTGCTGCTGATTGGAGATTCTGGAGTAGGAAAGTCTTGTTTGCTGTTACGATTT
GCAGATGATACATACACTGAGAGCTACATCAGTACTATTGGAGTTGATTTCAAGATTAGA
ACAATTGAGCTTGATGGAAAAACGATTAAACTTCAAATTTGGGACACAGCAGGCCAAGAA
AGATTTCGAACCATAACATCGAGCTACTACAGGGGTGCCCATGGTATCATTGTTGTGTAT
GATGTTACTGACCAAGAATCCTTCAATAATGTAAGGCAATGGCTTCAGGAAATAGATAGA
TATGCCAGTGAAAATGTTAACAAGCTGCTTGTTGGAAACAAATGTGACCTAACCACAAAG
AAAGTTGTCGACTACACAACTGCAAAGGAATATGCTGATACCTTAAAAATTCCCTTCCTT
GAAACAAGCGCAAAGACAGCTAACAATGTGGAACAAGCTTTTATGACAATGGCAGCTGAA
ATCAAAAATCGAATGGGTCCTGGAACAGCAGCCTCACCTGGTCAACGCGCGAATGTTGAC
ATAACAAGTAAACCTGTGGATGGAAACAAAGGTGGGTGCTGTTAATGGGGCAACCCTGTT
TTACTTGGACTGACTCATTCAGTTTGGAACTACTCCAATTGGCTGATGCAAGCAAATATC
TGTGCTTTAAGTTGCATATCAGTCATATAATTGCTGTCTGGATCTTCGGATACTTTCATG
TCATTACTGTGGGATGATGCTGGATAAAATTGCTATTTGCTTCTTGATGTTTTTAAGTAC
ATCAATGTCTCCTTGTCTTTATGTATTAATTGTCAACAAAGTTGTTACAAATGTACACAC
ATGACATTCGGATCAGAATTTGTGAGTACAATCTCGTCATTAACTGCAATTGTTTTGTGA
CTACATTGAAGGCAATATTTAAAATTGTAAGATGCATCATTGTGTGGTTAGTGGTTAAAA
GACATTTGTATGTAATTGTTAGCCCTCATACACCCACGCTTGGCCATAGTTAAATTATTC
CTTGGTGGTTTCTTTGCTTTTTTGATGCATTAGTGTTGTCAGTGTGTAAATATGTTTATT
ATTACCACCTTTATTGACTTTATTGCTATCTTTCCATTCATAGATAGAAATATTCACTTA
TATTTTACAGTGACCACTACTTGATTATTAATGTGCTGTGTACTGTTTGTTCATGATTGT
GTTGA

InterProScan

SUPERFAMILY
P-loop_NTPase (IPR027417) - T[6-182] 1.39E-67
TIGRFAM
Small_GTP-bd_dom (IPR005225) - T[9-167] 1.7E-35
Pfam
Small_GTPase (IPR001806) - T[12-172] 2.9E-67

Best Blast Hits in UniProt
Protein Name Identity Bit Score e-value
RAB1A_HUMAN 88.177 % 376 4.31E-135
RAB1B_HUMAN 88.614 % 363 3.71E-130
RAB1C_HUMAN 84.158 % 343 2.59E-122