Aniseed - Transcript Card

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.L10.17.v1.A.nonSL7-1

Possible name(s)

NHLRC2; TRIM71

Gene model

KH2012:KH.L10.17

Location

KhL10 [12,046 / 14,421]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 471

>KH.L10.17.v1.A.nonSL7-1
IDLFNRLTNRRISVNSRMICYLVVGLCLFHHASCMEGIVKTLAGGGYPHVGAVDTCVDGP
NSVDGALADTRFNYPWGIVYDKVKHSVYVADCGCPDTPHGNDRVRRVDLVTDVSTTSAGS
SQGFANGVGLKAQFFHIAGMALDHKRQKMYIADSGNNAIRLMDLGTNEVTTFAGTNGDKA
FKDGSLLTAGLNNPQQLEYDDTNDRLFIADTDNHAIRIINVDSATPKVTTLTGGPRMEGF
KDGSFAEAMWRHPTGMAYDVRKDVLYVSDHYNHAVRMLDLKKKTVTTIAGGGEPGDVNQR
IFGHGLAMNYPEGIAIDPEHEVLYVAEFGNNCIRMISLIDYSLTVLAGSESYGSRDAVGT
DAQFFHPTGLDLDAERKMLYVTDQYNHRVRAITALGNTEVAQNSAMLIQHLGKVDAYRDL
LVHNRSSVFASTTIIALCLFMILLWLTSRYWRGFAGRHWDKYWKMKNAHKL

Nucleotide sequence

Length: 1,537

>KH2012:KH.L10.17.v1.A.nonSL7-1
ATTGATTTGTTTAACCGCTTAACAAACAGGCGCATTTCAGTAAATAGTAGGATGATTTGC
TACCTCGTGGTTGGTTTGTGTCTATTCCATCATGCCTCTTGTATGGAGGGGATCGTCAAG
ACTTTAGCGGGGGGTGGGTACCCTCATGTTGGGGCAGTGGACACATGTGTTGATGGGCCA
AACTCCGTGGACGGTGCGTTAGCAGACACAAGATTCAACTATCCTTGGGGGATTGTATAC
GACAAAGTGAAGCATTCTGTCTACGTGGCAGATTGTGGTTGTCCTGACACTCCGCATGGC
AATGATAGAGTACGAAGAGTTGATCTTGTAACTGACGTTTCTACGACTTCCGCTGGTTCA
AGCCAAGGATTCGCAAATGGTGTCGGATTAAAAGCCCAATTCTTTCATATTGCCGGCATG
GCGCTTGACCATAAACGACAGAAAATGTACATTGCTGATAGTGGTAACAACGCTATCCGT
CTTATGGACCTGGGTACAAATGAAGTAACTACATTTGCCGGAACCAATGGTGACAAAGCT
TTTAAGGACGGTTCACTTTTAACTGCAGGATTGAACAACCCACAGCAATTGGAATATGAT
GACACGAACGACCGCCTCTTTATTGCTGATACAGATAACCACGCTATTCGAATTATAAAT
GTAGATTCAGCCACCCCAAAAGTCACAACGCTGACTGGCGGACCTAGAATGGAAGGTTTT
AAAGATGGCAGCTTTGCCGAAGCTATGTGGCGCCACCCAACGGGCATGGCATACGACGTC
AGAAAAGATGTGTTATATGTTTCTGATCACTACAATCACGCAGTACGCATGTTGGACTTG
AAAAAGAAAACAGTTACCACCATTGCAGGTGGGGGAGAACCTGGGGACGTTAACCAGAGG
ATATTTGGTCACGGTCTTGCAATGAACTACCCTGAAGGTATTGCTATTGACCCAGAGCAT
GAGGTGCTTTATGTGGCGGAGTTTGGAAACAACTGCATCCGTATGATTTCTCTTATCGAC
TATAGCTTGACTGTGCTAGCTGGTAGTGAGAGCTATGGGTCAAGGGATGCCGTCGGCACT
GATGCTCAATTCTTTCACCCTACTGGTCTCGACCTTGACGCGGAAAGGAAAATGTTGTAC
GTGACCGATCAGTATAACCACAGAGTGCGTGCAATCACTGCGCTGGGTAATACAGAGGTT
GCACAGAACTCCGCTATGTTGATCCAGCATCTCGGTAAAGTGGATGCATACCGAGATTTA
CTGGTGCATAACCGGTCGTCCGTGTTTGCAAGTACGACCATTATCGCTCTCTGCTTGTTC
ATGATCTTATTGTGGCTCACAAGCCGCTACTGGAGAGGATTTGCAGGACGACACTGGGAC
AAATACTGGAAAATGAAAAATGCGCATAAACTTTAACTGCGTTAATTTTTTAAACGGCTA
TTTGTGTTTGTCGTTGCACGTAAGGTCACAGAGATTGTCTTTGTTTAGAAAAAAAAGTGA
AAATAAAACGAATTTAAGAGTAGTGCCAAATAAAAAA

InterProScan

Gene3D	6-blade_b-propeller_TolB-like (IPR011042) - T[34-94] 4.7E-8 - T[96-219] 1.5E-28 - T[220-337] 1.2E-25 - T[339-394] 3.2E-11
SMART	LDLR_classB_rpt (IPR000033) - T[127-169] 2.1 - T[184-226] 74.0 - T[243-285] 19.0 - T[299-343] 160.0 - T[357-399] 15.0

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
NHLC2_HUMAN	28.963 %	106	1.97E-24