Aniseed - Transcript Card

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.C9.287.v2.A.ND2-2

Possible name(s)

HERC3; HERC6; RCCD1

Gene model

KH2012:KH.C9.287

Location

KhC9 [4,989,034 / 4,992,490]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 233

>KH.C9.287.v2.A.ND2-2
EFACCEYRQILWKDSFTFKNLCSIDEKLLRRGLTNNLGRELTKENISSKCIQSILNFDNH
GYGILQDNGEFVLQFEPERSEIFTKRHVGSVAKDSNGFYLVADDVLLHCNNILESPIIMR
PMFSSHKVRNVSCGNCHSLLSTHNGNVFSWGIGSHGQLGHGDMETLKQPQLIDALGGVCI
KRVGAGGWHSAALAGILTFQMLYICCKLFSKQHFIYLHINNLCRSTLYIVLNI

Nucleotide sequence

Length: 1,751

>KH2012:KH.C9.287.v2.A.ND2-2
GTACTCGCATATTCAAGTTAGCCGCTTATAAGTGATAAGCATGTCATCTGGTGTAGCAAT
AGGAGTTTGCTTGCTGCGAGTACAGACAAATATTGTGGAAAGACAGTTTTACTTTTAAGA
ATCTTTGCAGCATAGATGAAAAACTATTGCGCCGTGGGCTTACTAACAATCTGGGTAGAG
AGTTGACGAAGGAAAATATATCATCCAAATGCATCCAATCGATTTTAAACTTCGATAATC
ATGGTTATGGAATACTACAGGATAATGGAGAATTTGTGCTGCAGTTCGAGCCTGAGAGAA
GTGAAATATTTACAAAACGCCATGTTGGATCTGTAGCAAAAGATTCAAATGGATTTTATT
TAGTAGCAGATGATGTGCTACTACATTGCAATAACATCTTGGAGAGTCCTATTATTATGA
GGCCAATGTTTTCAAGCCACAAAGTAAGGAATGTTTCATGTGGTAATTGTCACAGCTTAT
TATCAACACATAACGGAAACGTCTTCAGCTGGGGAATTGGCAGTCATGGACAACTTGGAC
ATGGTGATATGGAAACATTAAAGCAACCACAGTTGATAGATGCCCTTGGTGGTGTTTGTA
TTAAGCGTGTAGGGGCTGGTGGGTGGCACTCAGCTGCTCTGGCAGGTATATTAACTTTTC
AGATGCTTTACATTTGTTGTAAATTGTTCTCAAAACAGCATTTCATTTATTTGCATATTA
ACAACCTCTGCAGATCAACTTTATACATTGTTTTAAACATATAACACTTAGTTATCATCT
TTGTATAATGCTTTGAAATGTGATTCTAAACAATATTCCATATTTTTGTGATACTGGGTC
AAAAATGTGCTTTTTACACATTAAATCAGTAATATACTTTTAAGAGTTTTAATTTATTTA
ATGTTTTACAAAATAAAAAACTTTGGCAGACACTGATGATTTGTATGTCTGGGGTTGGAA
CCAGTCAGGTCAGACTGGATTTCAAGCCCCAGTTGGTATTTGCACCAACTCCACTGAAGC
ACTTAAAATGGAAAATTCTACAAAAGATTCCAATGCCATAGGTGTTGTTCTAAACCCAAC
ATTGTTAGAACTTGAAATGTGTGCGGATTCAAACAGCTTTGTTTCTATTATTGATGTATC
CTGTGGTGTTAGGCACACTGCTGCAGTTACTTCGTGTGGGACTTTAATCACATGGGGTTG
GGCACGATATGGTCAAATATGTCACTCATGTTGTAAACCAGACACTGATATCCCAACAGA
CAGCGTACATTGTGAAGCGCATTTGCCACAGACTGTGATGTGGTTTAAAACACATGGTTT
ATATGTAACTGGTGTAGTGTGTGGTCCATGGAATACGTTTGTAACCACGAGTGATTATGG
TTAATCATTATGTTAATACATTGATGCGGTTTCCAGTTCTATTACTTTATGAATTTAAAA
ATCTTTGCAAGCTGGTATGTCTTATCGCACGATTTTACAAAAGATAGTTGCAGAACTATG
CAAACCAAACTGTGTTTGATTTAATCAAGCAGTTTGATAATTTAACCTTATTTTATTTAC
ATGCAAGTAAAATATTTTTGTGCCACAAGATTAAAATTCCAGTGTCATACCAAAATTCGT
ATAGTGTTAAACTTAATCATGTTAGGCATTTATTAGCGTACTTCGCACTTTAATTCATTA
TCGTAGCTGGTGACTTTTTAAAAAACAAAATGCATAAAAAAGTGGAACGGAATACAACTT
TGCTCTCTTTT

InterProScan

Gene3D	RCC1/BLIP-II (IPR009091) - T[69-204] 2.2E-21
SUPERFAMILY	RCC1/BLIP-II (IPR009091) - T[74-193] 5.49E-21
Pfam	Reg_chr_condens (IPR000408) - T[144-193] 5.6E-11
ProSiteProfiles	Reg_chr_condens (IPR000408) - T[145-196] 15.187

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
RCCD1_HUMAN	33.775 %	80.5	1.07E-17