Aniseed - Transcript Card

Transcript 'KH2012:KH.C9.167.v1....'

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.C9.167.v1.B.SL2-1

Possible name(s)

GP1BA; LRG1; LRRC15

Gene model

KH2012:KH.C9.167

Location

KhC9 [2,064,704 / 2,070,006]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 433

>KH.C9.167.v1.B.SL2-1
DQKYYRVWVEYGYSNINGVCWYVEMRYLSSQVFLGLVLEFLISYTPSASRIKHCSNKTNG
QNCKFDHRHNILWCDSTTFTSLPPPNEIHGEGDPRYAETIYLNSSCQQNFRGVLRQYAHV
KQLNYDDNMIQTIPKSCFSHLHLDELILSRNSISTINSAFNGVSNLTILRLDRNNLKYVH
RHAFKELISMKLLDLSYNKIKKFEPGHLSGLVQLRELRLKHNHLQSLDSDLLVSSPHLEV
VDLSFNRLQCLPANLFDNQSDLKSVLLMSNQLRTPHSDWFRRIVANGRVPDVNLMQNNKW
LCDCHSIKYRDFLKDKDQWIDKLDVRCFQPATNKGKYLSDVKHFGSCLYPLESLECEQQQ
SSTRTTNDVCVIPQRNNIQRSKCDSGFVAWDEDSLVPQQFWSNTPGNMIRETQDQRSILS
GDDHNVYEDVSYV

Nucleotide sequence

Length: 1,736

>KH2012:KH.C9.167.v1.B.SL2-1
GTTAAGATTTTTATAAGATCAAAAGTATTATAGAGTATGGGTTGAGTATGGGTACTCTAA
CATAAATGGTGTCTGTTGGTATGTAGAAATGCGTTATTTATCTTCACAAGTCTTTCTTGG
TCTTGTTTTAGAGTTCCTTATTTCTTATACACCTTCAGCATCTCGTATAAAACACTGTTC
CAACAAAACCAATGGACAAAATTGCAAGTTTGACCACAGGCATAATATACTATGGTGTGA
TTCCACAACTTTTACTTCATTACCTCCACCCAATGAAATACATGGAGAAGGTGATCCTCG
GTATGCTGAAACAATTTACTTAAACTCAAGTTGCCAACAGAATTTTAGAGGTGTTCTGCG
GCAATACGCCCATGTAAAGCAACTGAACTATGACGACAACATGATACAAACTATTCCCAA
GTCATGCTTCAGTCATTTACATCTAGATGAACTTATATTGTCACGGAATTCAATTTCAAC
CATTAATAGTGCTTTTAATGGTGTATCAAATTTGACAATTTTACGATTGGATCGGAACAA
CTTAAAGTATGTGCACAGACATGCTTTCAAAGAATTAATATCAATGAAACTACTTGATCT
TAGCTACAATAAAATAAAAAAGTTTGAACCAGGACATCTGAGTGGCCTGGTACAGTTAAG
GGAATTGCGGTTGAAGCATAATCACTTACAAAGCCTTGATAGCGACTTGTTGGTGTCATC
TCCACATTTGGAAGTTGTTGACCTTAGTTTTAACAGACTTCAATGTTTACCTGCCAACCT
GTTTGATAACCAAAGTGACCTGAAATCAGTTCTACTCATGTCAAACCAACTTCGTACTCC
ACATTCAGATTGGTTTCGACGTATCGTTGCAAATGGGAGGGTACCGGATGTAAATTTAAT
GCAAAACAACAAATGGTTATGTGATTGCCATTCAATTAAATACAGAGATTTTCTTAAAGA
CAAAGATCAATGGATTGATAAATTGGATGTTAGGTGCTTTCAACCTGCAACGAATAAAGG
AAAGTATCTAAGTGATGTAAAACACTTTGGAAGCTGTCTTTATCCATTAGAATCATTGGA
ATGTGAACAGCAACAGTCTTCTACAAGAACAACAAATGATGTATGTGTAATACCACAACG
CAACAACATACAACGAAGTAAATGCGACAGTGGTTTTGTGGCGTGGGACGAAGACAGCTT
AGTTCCACAGCAGTTTTGGAGTAACACACCAGGAAATATGATACGTGAAACACAGGATCA
AAGAAGCATTTTAAGTGGTGACGACCACAACGTTTATGAGGATGTCTCCTATGTATAAGC
CAACCGAATTACAGACAATGTGTAAAAGTCGAATATGCAAATCGTGACAATATTTACACT
TTACCGTTATCGTAATTTTATTGGTTTACTATGCACATAACATTTAAATTTGCCTTAATT
TGAAGACCGAAGCACTTATTTAAACATCATTTTATGAAATGTATAATTAGCTTGTGGCAA
ATTTACGAATTTACGAATTCGTTCCTGCTGACATAAGTGTCACTGAAGCGTGTTGCTCAC
ATTTGAACTCGTGGGTTTTTTATAAGCTTGCTTTTATCGCTGTACATTCCATGCTTTAAC
TGTGCCTTTTGATCAATTATGTGCTACTCAGTGTTTGGAGTAGTTAGGCCTATAGTGTAT
TAAAAATATGCTTTATAACAAAGTTATATGCAATACACATCCAAACGTCTATTAAA

InterProScan

Gene3D	LRR_dom_sf (IPR032675) - T[53-216] 1.7E-24 - T[217-363] 1.0E-21
SMART	Leu-rich_rpt_typical-subtyp (IPR003591) - T[142-162] 150.0 - T[163-186] 1.1 - T[187-210] 25.0 - T[211-234] 0.4 - T[236-258] 0.35
Pfam	Leu-rich_rpt (IPR001611) - T[164-224] 1.4E-16

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
LRC15_HUMAN	31.169 %	91.7	8.68E-20
GPV_HUMAN	28.346 %	80.9	2.32E-16
GP1BA_HUMAN	26.154 %	85.9	6.19E-18