Aniseed - Transcript Card

Transcript 'KH2012:KH.C1.89.v2.A...'

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.C1.89.v2.A.ND1-1

Possible name(s)

MPDU1; PQLC3

Gene model

KH2012:KH.C1.89

Location

KhC1 [1,510,710 / 1,529,246]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 252

>KH.C1.89.v2.A.ND1-1
SVSISKMFKQAMSLFMSDHCYDKFFLDFDFFNAPCLTALISKLLGYSIVAGAMMVKVPQI
IKIISAKSAVGVSFTSLLLEIYAVTTFFAYSLAKDFPFSTWGDAFFLMLQNVFIGAMIQH
YKGKTGTGGAFVVLYSTIVYILISGFTPLSVLSALQASQMPAVVISKLIQALDNYKNGST
GQLSAITVFLMFIGSLARIFTSIQETGDNLVVLNYIVSSTSNGVIAFQILWYWNANVATK
KKTYVATKKKAH

Nucleotide sequence

Length: 1,652

>KH2012:KH.C1.89.v2.A.ND1-1
AGTAATCTCACTTCAAGTCTGAAAAGTCTGAAGAAAATTTGATCTCGTTTTCTAAACAAA
TACGGAGAGAGATCGCAAGTGCAATTAATCAGTTTCAATCAGCAAAATGTTTAAACAAGC
AATGAGCTTGTTTATGTCAGATCATTGCTATGACAAATTTTTCTTGGACTTTGACTTTTT
TAACGCACCATGCCTAACTGCACTCATCAGCAAACTACTTGGTTATTCAATTGTTGCCGG
GGCAATGATGGTAAAGGTTCCTCAAATTATAAAAATAATAAGCGCCAAAAGTGCTGTTGG
TGTCAGTTTTACTTCATTGTTATTGGAAATCTACGCAGTCACAACTTTCTTTGCTTACAG
TCTAGCAAAAGATTTCCCGTTCAGTACTTGGGGCGATGCATTTTTCTTGATGTTGCAAAA
TGTGTTCATTGGAGCTATGATCCAGCATTATAAAGGAAAAACTGGTACAGGCGGTGCATT
TGTTGTGTTGTATTCAACCATAGTATATATTCTAATCTCTGGTTTCACACCTTTGTCTGT
GTTATCTGCACTTCAAGCAAGTCAAATGCCAGCTGTGGTTATATCTAAGCTAATTCAAGC
CTTGGATAATTACAAGAACGGTAGTACTGGCCAACTATCAGCAATCACTGTGTTTCTAAT
GTTCATTGGTTCACTTGCTCGTATTTTCACATCCATTCAGGAGACTGGGGACAATTTGGT
TGTTTTAAACTACATCGTGTCTTCTACGTCTAATGGTGTCATTGCGTTCCAGATTCTTTG
GTACTGGAACGCCAATGTTGCCACTAAGAAAAAAACCTATGTTGCCACCAAGAAAAAGGC
ACATTAAAAATAATTTTAAACACAATTAAGATCAGAATTAGTATTTATTCAAATGAGGGT
TGAATTTAAAAAGGTACATACACTGCAAGTCTATATATTAAAGCCTGGCTTATATAATAA
TTATTGTACAACTTGTATGCCATTACGTACATAGGCTATTTTAACAGTTGCTTTTGTATT
TAGCTTGGGCTAATTAACTGCAGTTTGCTTATATAAGTTTAGTATACAGTCAAGCACATT
AAACAGTAGATTCGAGGAGTCAGTATATTTAGTAAAATTGAGATTAAACCTCTTTGTTTC
TGAATTGCGTTTTTCATGTAAATGTTCAAATATGAAAATAAATCAAATCTACGCAGAAAT
TCGATGGCATATTTTGTGTAACTGTTGTATTGTAAGAACGATTTCTCGTTCATTTATTGT
CGTTTCTAAATACAAATGTTGTAGGGTTGGGGAAGATGGGACACCTTTTTATTTTATCGT
CTCGTCCCATCTGGGAGTAAACAAAAAACATTAAAAGAAAAAAACGCATGCTTACGACTT
CCAAGGCCGTTGTTAAATGGACCAGGATTAGGGTATTTAAATATTACGTGCTAAAGGTGT
CTTTACACCACAGTACTCTATATTGGTTAAATTTTACAGTAAGACACGCTATTGGAATTG
AGATTTGGGCTGGTTGCTTTAAAATGCTTTTTAATTTTCGTGTTTGCGATAAGAAATACC
GCACATGAACTGGTAAATTATAAACGTTTTGTTGTTCATTGAGATCCCCATCTCTTAGCT
ATGTTAATCGAATTTAAGCTAACATACTTTTT

InterProScan

PIRSF	MannP-dilichol_defect-1 (IPR016817) - T[3-252] 8.8E-81
PANTHER	MannP-dilichol_defect-1 (IPR016817) - T[4-245] 1.7E-91
Pfam	PQ-loop_rpt (IPR006603) - T[40-99] 5.4E-14 - T[161-206] 6.0E-8
SMART	PQ-loop_rpt (IPR006603) - T[54-85] 9.8E-5 - T[165-196] 1.0E-5

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
MPU1_HUMAN	52.381 %	243	3.26E-81