- Transcript 'KH2012:KH.C1.321.v1....'
Transcript Model
Transcript Id
KH2012:KH.C1.321.v1.A.ND1-1
Possible name(s)
CSMD1; CSMD3; CUBN
Gene model
Location
KhC1 [7,734,958 / 7,740,374]
Amino acid sequence
Length: 1,088
>KH.C1.321.v1.A.ND1-1
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SANDVGYHAYLSDTAEALSFSMNTEGVSYRGKKVDHKEAREVFEKAKLEDHNAAVYIPRP
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YLKVYDGSSDNYALLTMWTGNVNSGEKVYSSSYHMFLQFHTDSSVSSNGFSLSFDYASPS
EASGEGSG
Nucleotide sequence
Length: 4,030
>KH2012:KH.C1.321.v1.A.ND1-1
ATGTTCCAGCTAATACTGTTGCTTTTATTTACTCTGGCGGATCTGTCACACCAAGCCACA
AGCGTTGAAGAAGCGTATGTCGTCGGGTTATTTCCAGAACCGGTGTATGAGATGGTGAAT
ACTACCGGTCGTGACCCTAACGACCAATCGATCAAAATAACAATTCAGAATATGGGCAGC
TCAGCAAACGATGTTGGGTACCATGCCTATCTTTCAGACACTGCAGAAGCTTTGTCATTT
TCGATGAACACGGAAGGAGTCTCTTACAGAGGCAAGAAGGTCGACCACAAGGAGGCGCGA
GAGGTTTTCGAGAAGGCGAAGTTAGAAGATCACAATGCTGCTGTGTATATACCTCGTCCA
CTACCAGTTGATCGCAATAGCGAGTTACAATCCGAATCAGTCAACGTTCACATCAAAGGA
GAAAAGAAAATGACTTTTAATCTCGAATACACGGAATCAATCGCGGACAAATTGGCCTCC
GGTGAAAAGGTTCTTAACAGAGCTGCTGTGGTTCTAGACATGTACGGTTCGACTGCAGAA
AACCTATTTGGTGAGGTATATTCCCCAAATTACCCAAATAACTACCCCAATAATGCCGAT
TTGGCATGGTGGGTAAGAGTGCCAGATGATGAGACCGTCACCCTGCATGTTACCGATCTC
GATATTGAAGAATGTTGTGATAGGCTTACAATTTATGATGGCGTTTCTAAAAACGGCCAA
GTTATTTCTGTTCTAACGGGTCAACTCTCCAACGAGTCTATAGTTATCCAAACAACCACG
AATAGCATTTACTTACACCTTGCATCAGATTGTTCTTTTACTTCTCGTGGATTCGCAGCA
ACTGTTACAATGAGTGGGAACACCGTACCTACTTACGAACCACCCAGCACTACAACTGAT
GTTTACCCAACTCAACCTAACGTTACAGCTTGTAACGGGGGTGATTACTTATACTCATAT
TCAGGCAGTATATCGTCTCCGAACTATCCCTACAGCTATTATGATAACTTGTATTGCTCA
TGGCATATAAGAATACCATATTATTCATACGTTGTGAGCATGACTGTACAGGACCTTCAT
CTTCAAAGCTATGATTACCTAAGGGTATACGATGGCTCATCATCGTATTATCCTATGATC
GCACAATTAACCGGTGTGATACATTCTAATCCAACATACTATTCATCTGGTACCGATATG
TTTTTACTTCTTACCACTGATTCTTACGGCAGCACCTACAGCGGCTTTCAACTTACCTAT
ACTTATTCCTATGCACAACAAACTAATAACCCTACTACAGAATCAAATGACGTTACCACA
GCATCAGCACTTCCCACAGCTTGCAACGGTGGTGATTATATATACTCTTATTCAGGTTAC
ATATCATCACCTAACTATCCTGGAAACTATTACAATAGTTTGAGTTGTTCCTGGCAAGTT
AGAATTCCAAGTACCTACTATGTTGTGAAGCTCACTGTTGAAGCTTTCCAATTGGAACCA
AACTACGACTTTCTGTATGTCTACGATGGTTCTTCCTCCAGTTATGCACAGCTTGCAAGC
TGGACTGGTATTCATACACAAGGCGAAGAACTTTACTCTTCTTCCCGTGACATGTTTCTT
CAACTATACACAGACTACGTTGTACCTGATAAAGGCTTTCAGCTTTACTTTGCAAACTCG
TACCCTCAATCTACTACGCCTCAACCTGGTAGTAATATTCAGGCTTGTAACGGTGGTGAA
TTCTTAAACAGTTATTCAGGAAGCTTTTCGTCCCCTAACTACCCGAGCTACTACAACAAC
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TACTCTTATTCAGGTTACATATACACACCTAACTATCCTGGAAACTATTACAACGAATTG
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GCTTTCCAATTGGAACCAAACTACGACTATCTGTATGTCTACGATGGTTCTTCCTCCAGT
TATGCACAGCTTGCAAGCTGGACTGGTAATCATACACAAGGCGAAGCACTTTACTCTTCT
TCCCGTGACATGTTTCTTCAACTATACACAGACCATAGTGTGACTCATCAAGGCTTTCAG
CTTTACTTTACAAACACGTACCCTCAACCGGGTGCAAATATTCAGGCTTGTAACGGTGGT
GAATTCTTAAACAGTTATTCAGGAAGCTTTACGTCCCCTAACTATCCGAGCTACTACAAC
AACGACTTGTATTGTACATGGCACATTCAAATGCCTTCTTACTCTTACGCTGTCAACCTT
ACCATTACCGACTTACAGCTGCAGTACAGTGATTATTTATATATTTATGATGGACCATCA
ATAAGTTATCCGCTGCTGACATACTTAACAGGTTCTTATTATTACCCGTTGATGTATTAT
TCAACCGGAAGAGATATGTATGTACGTTTGAGCACAAGTTCTTCTGGCCAAGATAATGGT
TTTCAAGCTTTTTACACTTACACATACCCTCAGCAACCAGCAACCACGGCTGCAATTACA
ACCGATCAAGCTTGCAACGGTGGTGAATACATATACGCTTATTCGGGCCACATATACTCA
CCTAACTATCCTGGAAACTATTATGATTATCTCGACTGTTCCTGGCAAATCACAATTCCC
TATTACTACTACGTCGTTAAGCTTACTATCTCAGATTTTAATTTGGAGAACAACTATGAC
TATCTAAAAGTGTACGATGGCAGTTCTGATAACTATGCGTTGCTCACAATGTGGACAGGG
AATGTGAACTCTGGTGAAAAAGTTTATTCCTCGTCGTATCATATGTTCTTGCAGTTCCAT
ACGGACTCTTCAGTATCATCAAACGGGTTTTCTCTTTCCTTTGATTATGCCAGTCCTTCT
GAAGCTTCAGGTGAAGGATCAGGATAAGCCTTTATATTTGAAGTGAGAATCAAACTGTGT
TGTTGGTGATACTGTTACGGTGTGTCATTCACGTTCAATTTAATTACTTTGCTTTTTACG
TAACAAGGTCTTTTTAATGGCGTGACATAAATATTTTATATTAATTATACTGATATGCTA
TATATGTGCTAAAGCTAAAAAGGAATGTAATTTAGTTTTTGTTTAATTGTCTGTATTTTT
CACGTATATTATACGGGTATTATGGTGATTTGTGTTCTTCATACGTTAATAAACTTACAG
CTGTACTTGTACCAATCATGAACTATACGCTTGTATAATTGTCGTTGCATCTTTCCTATT
ACTGTCTTTAAAAAAAAAGAACTCGGGCGTTTGTATCGAAAATGAACCTGAAAGTGCACA
AAAACATGCTTCGTCGTCGTAATTCGCCTGCCCTAATTAAAACACAGTGGCATTGTTTCG
TCATATAAGAACATTGGCGCCCACCATAATAACCCCCCAAAAACTGCGTTTGCATTTTTA
AGCACCTATATTGTAAAATGTTCCTAGGTCATTATAAAAGTTTTCAACACTGATGTTTTT
CATTGGTCACCAGCGACATCAGAGATATGTATAATAGGAAAGTGGGGAAGTCGGGACACT
TTCTGCACATGATATCCAAATATCCTGATCGTGTTTTAACGTTTTAAATGGTGTATGAGA
GTTGTGGGGATACGGTTTTATTTGAATGAATTTGTTTATTACCAACTAAAACAAGAAAAT
AGAATAAAAA
| Pfam |
VIT (IPR013694) - T[51-150] 1.3E-4 |
| ProSiteProfiles |
CUB_dom (IPR000859) - T[175-285] 15.115 - T[311-423] 17.94 - T[448-560] 17.658 - T[576-688] 17.517 - T[714-826] 18.534 - T[837-948] 17.827 - T[965-1077] 19.734 |
| SMART |
CUB_dom (IPR000859) - T[175-285] 5.0E-20 - T[312-423] 1.9E-21 - T[450-560] 3.6E-19 - T[576-688] 1.5E-23 - T[716-826] 2.3E-21 - T[837-948] 2.0E-23 - T[967-1077] 1.3E-24 |
| Gene3D |
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| Pfam |
CUB_dom (IPR000859) - T[179-281] 9.8E-17 - T[315-420] 7.0E-16 - T[452-557] 2.4E-18 - T[579-685] 1.4E-16 - T[718-823] 4.8E-19 - T[840-945] 1.8E-16 - T[969-1074] 8.0E-21 |
| SUPERFAMILY |
Sperma_CUB_dom_sf (IPR035914) - T[182-283] 4.97E-25 - T[317-422] 1.22E-21 - T[455-557] 1.44E-23 - T[582-687] 8.5E-25 - T[721-824] 2.22E-24 - T[843-947] 4.19E-24 - T[972-1074] 7.46E-25 |
| CDD |
CUB_dom (IPR000859) - T[194-283] 5.37481E-10 - T[313-421] 4.84948E-23 - T[450-557] 1.60284E-23 - T[578-686] 7.45107E-25 - T[729-824] 1.96081E-20 - T[839-946] 1.44207E-24 - T[967-1074] 1.91625E-26 |
| Protein Name | Identity | Bit Score | e-value |
|---|---|---|---|
| TLL2_HUMAN | 23.957 % | 192 | 3.65E-50 |
| CUBN_HUMAN | 27.82 % | 230 | 2.53E-61 |
| CSMD1_HUMAN | 23.782 % | 216 | 8.4E-57 |