Aniseed - Transcript Card

Transcript 'KH2012:KH.C10.50.v2....'

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.C10.50.v2.A.SL2-1

Possible name(s)

RAB1A; RAB1B; RAB8B

Gene model

KH2012:KH.C10.50

Location

KhC10 [4,860,758 / 4,864,337]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 207

>KH.C10.50.v2.A.SL2-1
AINITYSILSDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGK
TIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYASENVN
KLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEYADTLKIPFLETSAKTANNVEQAFMTMAAEIKNRMGP
GTAASPGQSNKVDISSKPVDGKQGGCC

Nucleotide sequence

Length: 1,699

>KH2012:KH.C10.50.v2.A.SL2-1
TTGATCTGTGTATATTGCGATACTGTTATCTTCTGTATTTAACTTTGCTGCTGTTATTTT
ACGCGAAATATTAAGACGTCTGTTGTAAAGTGAGTTGGAAGCAAATCAGGAGATGACAAT
GAATCCTGAATAGTAAGTTAAACATTTCAACTTAACATGTATTGTTAATATAATATATTT
TTCTAGCTATTTATTACATTAGGGGTTTAAAACTATGATTTTACCTAAGTAGTTTTTACC
CAAAGCGTGTTTTTAACCACGTTTTGCTATGCATGCAGTATGAAAGAACATAGCTTAAAA
TTTGTATTAATTTTAACAAGTATTTATAAGCAATTAACATTACATACTCCATTCTTAGTG
ACTACCTGTTTAAACTTCTCTTGATTGGAGACTCGGGTGTTGGAAAGTCATGTTTATTGT
TGAGATTCGCTGACGACACATACACAGAGAGTTACATAAGTACCATCGGTGTCGACTTTA
AAATAAGAACCATTGAACTTGATGGGAAAACTATAAAGTTACAAATCTGGGACACAGCGG
GTCAAGAAAGATTTCGAACGATTACCTCAAGTTACTACAGAGGTGCACACGGGATTATTG
TTGTCTATGATGTAACAGACCAGGAATCTTTCAACAATGTAAAGCAATGGTTACAAGAAA
TCGACCGCTATGCGAGTGAAAATGTAAATAAATTACTTGTCGGAAACAAATGTGACTTAA
CCACAAAGAAAGTAGTGGATTATACGACTGCTAAGGAATATGCCGATACTTTAAAAATTC
CGTTCCTTGAGACGAGCGCAAAGACAGCGAATAACGTTGAACAAGCCTTCATGACAATGG
CTGCTGAGATAAAGAATCGAATGGGACCCGGTACTGCTGCTTCACCTGGACAAAGCAACA
AAGTTGATATTTCCAGCAAACCTGTTGACGGCAAGCAAGGAGGGTGTTGTTAAATGTGTT
GTCCTTATGTTGCATTACCACAGTGTCATTCCTCAACCCGGTCGCTTAGATTAGTATTCA
ACATTCATTTAATTACCTACTTTCATTGGAATCAACAAAAACCGACGTATTAATATAATA
TATATGCTATTTATTGTTATTAGTTTTCACACTTTGCGCTTGACAACGATAGTCAAACTG
TTGATGGTGATTTTAATTAACTTCACACATGATCATACTTCATCAATTTTAACTTGAGCC
ACATATAGAGTGTGGTTTAACATTTGAAGCGTTCAGTATAACATGGTATGCACGAAACTC
CCATGTTCAATCTAAATTAAACATCTGGTTTGCTTCATACTCTCATTGTACATTTTTACA
CTTTGTACCATGTTCTAGGAAATATGGCAGCAATACAAATGTTACTCTATGTTATTCCAC
TTATTTGAAGGTTTTATCCCATGCACATTATATCAGTGGTCGTAATTAATATGACATTTC
TATAACAAAACACATGGGCGCTAAATATTGTCAATTTTGCCCTAGGTGAAAATCTGAATA
CTCTTGTGTAAATTTTTGTGCAAAATATTCTAACTTTTCTGTCCTTGCTCCAATTGATCC
TTGATTAAAGTTAATGTGATAATTGCAAAAGGCCTGTGCGGTTGTTATTATCGTGTGGTT
ACTTAGTGCTTAAACCGTATACTAAGCCTTGTTGTATGTGAGGATATTTGAAAATAAAGT
CTTTAACTTAAAAAGTCAA

InterProScan

SUPERFAMILY	P-loop_NTPase (IPR027417) - T[11-191] 3.73E-67
TIGRFAM	Small_GTP-bd_dom (IPR005225) - T[12-170] 6.9E-36
Pfam	Small_GTPase (IPR001806) - T[15-175] 2.9E-67
ProSitePatterns	Sigma_54_int_dom_ATP-bd_1 (IPR025662) - T[16-29] .

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
RAB1A_HUMAN	88.325 %	361	5.88E-129
RAB1B_HUMAN	87.817 %	348	4.95E-124
RAB1C_HUMAN	83.756 %	330	5.11E-117