Aniseed - Transcript Card

Transcript Model

Transcript Id

KH2012:KH.C10.50.v1.A.SL1-1

Possible name(s)

RAB1A; RAB1B; RAB8B

Gene model

KH2012:KH.C10.50

Location

KhC10 [4,860,758 / 4,864,262]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 212

>KH.C10.50.v1.A.SL1-1
SELEANQEMTMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTI
ELDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESFNNVKQWLQEIDRYA
SENVNKLLVGNKCDLTTKKVVDYTTAKEYADTLKIPFLETSAKTANNVEQAFMTMAAEIK
NRMGPGTAASPGQSNKVDISSKPVDGKQGGCC

Nucleotide sequence

Length: 1,398

>KH2012:KH.C10.50.v1.A.SL1-1
ACGTCTGTTGTAAAGTGAGTTGGAAGCAAATCAGGAGATGACAATGAATCCTGAATATGA
CTACCTGTTTAAACTTCTCTTGATTGGAGACTCGGGTGTTGGAAAGTCATGTTTATTGTT
GAGATTCGCTGACGACACATACACAGAGAGTTACATAAGTACCATCGGTGTCGACTTTAA
AATAAGAACCATTGAACTTGATGGGAAAACTATAAAGTTACAAATCTGGGACACAGCGGG
TCAAGAAAGATTTCGAACGATTACCTCAAGTTACTACAGAGGTGCACACGGGATTATTGT
TGTCTATGATGTAACAGACCAGGAATCTTTCAACAATGTAAAGCAATGGTTACAAGAAAT
CGACCGCTATGCGAGTGAAAATGTAAATAAATTACTTGTCGGAAACAAATGTGACTTAAC
CACAAAGAAAGTAGTGGATTATACGACTGCTAAGGAATATGCCGATACTTTAAAAATTCC
GTTCCTTGAGACGAGCGCAAAGACAGCGAATAACGTTGAACAAGCCTTCATGACAATGGC
TGCTGAGATAAAGAATCGAATGGGACCCGGTACTGCTGCTTCACCTGGACAAAGCAACAA
AGTTGATATTTCCAGCAAACCTGTTGACGGCAAGCAAGGAGGGTGTTGTTAAATGTGTTG
TCCTTATGTTGCATTACCACAGTGTCATTCCTCAACCCGGTCGCTTAGATTAGTATTCAA
CATTCATTTAATTACCTACTTTCATTGGAATCAACAAAAACCGACGTATTAATATAATAT
ATATGCTATTTATTGTTATTAGTTTTCACACTTTGCGCTTGACAACGATAGTCAAACTGT
TGATGGTGATTTTAATTAACTTCACACATGATCATACTTCATCAATTTTAACTTGAGCCA
CATATAGAGTGTGGTTTAACATTTGAAGCGTTCAGTATAACATGGTATGCACGAAACTCC
CATGTTCAATCTAAATTAAACATCTGGTTTGCTTCATACTCTCATTGTACATTTTTACAC
TTTGTACCATGTTCTAGGAAATATGGCAGCAATACAAATGTTACTCTATGTTATTCCACT
TATTTGAAGGTTTTATCCCATGCACATTATATCAGTGGTCGTAATTAATATGACATTTCT
ATAACAAAACACATGGGCGCTAAATATTGTCAATTTTGCCCTAGGTGAAAATCTGAATAC
TCTTGTGTAAATTTTTGTGCAAAATATTCTAACTTTTCTGTCCTTGCTCCAATTGATCCT
TGATTAAAGTTAATGTGATAATTGCAAAAGGCCTGTGCGGTTGTTATTATCGTGTGGTTA
CTTAGTGCTTAAACCGTATACTAAGCCTTGTTGTATGTGAGGATATTTGAAAATAAAGTC
TTTAACTTAAAAAGTCAA

InterProScan

SUPERFAMILY	P-loop_NTPase (IPR027417) - T[14-196] 7.66E-68
TIGRFAM	Small_GTP-bd_dom (IPR005225) - T[17-175] 7.5E-36
Pfam	Small_GTPase (IPR001806) - T[20-180] 3.1E-67

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
RAB1A_HUMAN	88.177 %	374	4.62E-134
RAB1B_HUMAN	88.119 %	361	6.31E-129
RAB1C_HUMAN	83.663 %	340	1.07E-120