Aniseed - Transcript Card

Transcript Model

Transcript Id

Moocci.CG.ELv1_2.S279277.g06755.02.t

Possible name(s)

VAMP1; VAMP2; VAMP3

Gene model

Moocci.CG.ELv1_2.S279277.g06755

Location

S279277 [35,863 / 41,179]

Sequences

Amino acid sequence

Length: 238

>Moocci.CG.ELv1_2.S279277.g06755.02.p
MSYHPVPNPNGRSYGGTDTGAGGPVGGGSGNKRLQQTQAQVDEVVDIMRTNVDKVLERDE
KLSELDNRADALQQGASQFETQAAKLKRKYWWKNCKILSNPVPMIIMLSLVVAIIVIIVI
NVGDSDSRYFSNNHYYCSVLVCNKSLHENCAICTYIMLGDIYRNFDTIQYLLLFVMYLTK
EALTSISIKIRLFVYLKIPLVICVMFYMQLHKVYLSSQVTRIIDEEFSSTTILKIPLN

Nucleotide sequence

Length: 2,196

>Moocci.CG.ELv1_2.S279277.g06755.02.t
GTTGTTTTTATAGCATTCTATTAACTGAATTCTAGAATTAGAAAATGTCTTATCATCCTG
TACCTAATCCTAATGGCAGGTCATATGGAGGCACGGACACAGGTGCTGGAGGCCCAGTTG
GTGGCGGATCAGGAAACAAAAGATTACAACAAACACAGGCTCAAGTTGATGAGGTTGTTG
ATATTATGAGGACGAATGTTGATAAAGTATTAGAAAGAGATGAAAAATTATCAGAACTCG
ATAACAGAGCTGATGCATTGCAACAAGGGGCATCTCAATTTGAAACACAAGCGGCAAAGC
TAAAAAGAAAATATTGGTGGAAAAATTGCAAGATTCTTTCTAATCCAGTTCCCATGATAA
TCATGCTTTCATTGGTTGTGGCAATAATAGTTATTATAGTTATCAATGTGGGCGATTCTG
ATAGTCGTTATTTTAGTAATAATCATTATTATTGTAGTGTACTGGTTTGCAATAAAAGTC
TGCATGAAAATTGTGCAATCTGTACCTATATAATGCTGGGCGATATATATAGAAATTTCG
ATACAATACAATATTTGCTGTTGTTCGTTATGTATTTAACAAAAGAAGCTTTGACCTCAA
TATCTATAAAGATTAGGCTATTTGTCTACTTAAAAATTCCATTAGTTATCTGTGTTATGT
TTTACATGCAATTACATAAAGTGTATCTGTCGTCACAAGTAACCAGAATAATTGATGAAG
AATTCAGTTCAACAACCATCTTAAAAATTCCTTTAAATTAAAAAAAAATTTGTTATAATT
TTTTCGTACTACTGGACTGTTATAAAAAGCCAATCTTAGGAGTATTTATTACATTGCAAA
ATGGTCAACAAAAAACTAGTATTTTAGTTCATTCATTACCATTTAATTGTACGAAAAAGT
TAATTAACCAAATTAATATAAATTTTAAATAAGTTGGTTGTAAAAATGTTATATTACAGA
AAGCTTTCCTTTAAATGACAGTTTTGGATAGAGTTAAAGCACTTCTTAACAAAAGTTTTA
GACATGGTTTTAAATCATAATAGGCATTATAATATTTTTATATGGGAGGTTTTTTAATTA
TACGGATGATTTGATAAACTTGACGTAAAAATTCTACATAAGCAACCATATGTTGACCCA
GTTTGTCATTTGCACAATAATAGAAATCCTTACATGGGTCTGATGGGATCTGTGTAATAA
TATATTAATTTACTCACTTCAATTTGTTTATATATTTTCAAACTTTTTACCACCAAGCTA
TGTTTTTACTGTACTTGTTCATAACAATGGTTTGGTAATATGGTTCTGTAAAGTATAATA
TGTTCTATTCTATATTGTGTATTCTGTAGAAAGAGTATTGTAATTGTGTTGTTCCTGTTA
TTTTGCATGTTATGTATATATTTTATAAACTTGCTTAATATTCACTAGGCTATTTAATAT
TTGCGAATATTTATATACAAATAACACTTACATATTAGATTAACTATATCTGGTTTAACA
AACTATGCTTTAAAAATGTTATTATTCTAATTTTTACTTCGCAATTAGTGTATCAATTGG
TTAATAAAGCAGTCACAATGACTTTATTTTATTATAATTTGGTGAAATACTTTTTAACAT
ATGTTACATGAATTAAAAAATGTAAAATGTTTTCACACAAAACTGTGTTTAATACAGTAT
AAAATATCAATACGTGATCCAAAAATAGGAATACATAAATTTACTATATATAGTTAATTA
TTAGCAATATAAATAATTTTATGCTTTTCAATAAGTTCAATGTCTCTTTCAAGTTGTTTC
ATTTCAGCTTCCATTCTTTCTTTTCTATTCTTTTTGGGAGCTGTGTCTGTCACTACTGAC
AACCCCTGATATTGGTGATGAAGTTCTTCCCAATTTTTCTTTAAACCAGAAATTATTTCG
TCTCTTTCGGATTCGGACAGCTGTTTCATAGCTCCTTGTCTTTTTCTTTCTAAGATGTAG
GCATCGTATTCTTCTTGTGCTCTTCGAACTTCTTCATTCCTTTTTAATAAATATTCTGGA
ACTTTACCATAGTCTTCCTTTTTACAATATTTGGGAACTAAACCAGATGTTTCCAGAAGA
TTATTATCACCAATACGAGTATCAACAAATTTGGGAAGTGGTTTTTTAGGCACAGACATA
ATATTTTCAACAGCATTAGAATTAATAAAATTTTTA

InterProScan

Pfam	Synaptobrevin (IPR001388) - T[31-120] 2.2E-30
ProSiteProfiles	Synaptobrevin (IPR001388) - T[33-93] 18.917
PRINTS	Synaptobrevin (IPR001388) - T[38-57] 6.2E-22 - T[58-77] 6.2E-22 - T[99-118] 6.2E-22
ProSitePatterns	Synaptobrevin (IPR001388) - T[51-70] .

Best Blast Hits in UniProt

Protein Name	Identity	Bit Score	e-value
VAMP3_HUMAN	79.221 %	133	5.13E-40
VAMP2_HUMAN	84.286 %	128	4.28E-38
VAMP1_HUMAN	72.941 %	127	8.51E-38