- Region 'REG00001499'
Cis-regulatory Region
Name
Cirobu.REG.KhC6.1498085-1503107|Neurogenin
Short name
n/a
Region ID
REG00001499
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(complex_region)
Author
Alberto Stolfi (2019-03-18)
Annotator
Marion Gueroult-Bellone (2019-03-18)
Curator
Marion Gueroult-Bellone (2019-03-18)
1,498,0851,503,107
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [1,498,085 / 1,503,107] on scaffold KhC6
Sequence given by the author. Neurogenin cis-regulatory module drives gene expression in A- and b- neural plate border cells, which gives rise to ependymal cells and bipolar neurons of the posterior tail nerve cord, as well as secondary tail muscle cells.
Show sequence
Length: 5,023
cacgaatgtatgttccgaagtggcgcttatatctggtggttatttgtaaaaagacatccg
cgtaaaacgtgtttgtgttttgattttgtcgtgttttattacgagttttctaactataca
gaatgtgtgcgtgcgccatagcttagacattattttgatgaacgtttttttacaattaat
tgaacagaacgtttatatcagcgtgcaaaaggctatatcaaaatgctttcggatatacaa
cagattacaacaacacttatagtatatatagtgcaacccatttggaaaatgaatttatat
ctgattgcaattcggttcgaggcaatttcgattctcgcatgaatgaatatatccgcaaga
ttagcatgttacacatgttttggcgccgaacgattaccacaaacgcaacaattagtaaaa
tttaatcaccgcgcctatgcagcacgatcggtacaacatcggaaatgagttaaatccaag
attacgagcgtattttagtaaattcggcgccgtaacggtcaaacgggtctcgtttgcgga
ttactgttttgtatttccgaattaacaagtgcattaccgttaatatctattgtttaatgt
acaaatatggcttaccagccttgcgacttaagaacaatgatatgattctatatttcggaa
atcgagccgtctttttcacagccattttggcaccagtacaataagtcagcctaaatgacc
actggcccaatgatatatgttttcctaaagaagtcttttggagattatctcatgtaagct
ttttgtatcttttgtaatttccaaatcgccacaaaagctaacataaagtacggtggggta
aaatgggaaactgttagcacatattatctcattcctccaaatcgtattttaacaattaac
aacgcccttttatagtcgtgaggatacgggtatataattctgcaaatattcttcgtttac
taccaaatgggacgataaaacaaaatgaaaacttgtaccatcttgccccaacgtacatat
tgctcggtgcccgaacgtctactagtatatatctcattgaaacagttattttatcatttg
tttatcataagatagagttaaaatgccaccaaattcaaaaattccgatataccgtacgat
tcgagctctcaactcaaactttactacgttttcttgttttgtaaacacgtcagtaccagt
ccataccagtttgagctatttttgtaattgccgaatcggacacgcattttttggcgaatt
cacttttcgatgtcgggactaactctttgtagccacgcaggtggtattgcggtgatcgtg
cgtcaccttaaagtggatcaatgctacgtcatggcacgtgacagtttgattgacaggtag
ggaagaggtgttagataacgtcctttttaggaacaggtgtatgaaaaaccaggtgcaata
cggcgctacaaacttatgcgcacacgatacagtgtgcgtttaccaaaactcagattatgc
tactgttacagtacagaatgaaaaaattataattcgaaaaataaaattccgcgaaatttt
atagcgactgcgtgacacggcattaaaatgcagacaacgacatatttctttgcttaattt
agtgtttttacattgttattatcttcaaactagatacaatttttaaaaaatcttactaat
tttttttttttttttcagatttattaatgaatctcagaactttaactttgtggccgcgag
gtggcgataaggagcaaccaatacaaacgcttcagccttctattagccatgtgagtctta
aataccaaatatatttaacataatataaatattatttgtctcatagaatacagaacgaat
attaaattgttttatgtcgtatatttcaataataatttattacaaatttatcaacaaacc
caaatattatattggttttaatattttacgagcgtggttactaaaaaataagaagttaaa
actattcagttcaaaataacatattgtctgtttccgcatacatgcaatatgcacgcgttc
attataatatcaagttttaccaatttccgtaaatttttaatggaacagtgtaattaaccc
gactatattaccgttttccgatcgcattgttacgtcacaataaaaccgcggtgtgttctg
cgaagttaggaagtatctcattacgtcataatcgtcggatagttttgattgttttatcat
aatgcggactaagtagtccattactacaccgacgtaatcgccactttgtgacgtcacaat
accgcaccagatcaatgacgtcatcaaaggggaaactcggaagtaataagtgacgaaatc
aaaggcggaattatgacgttttcgcttttgattgttacgtacgtgggaaagagcaaacga
atcgggaaacgttttgctatcgtagattgtgacgaaataatgaaatagattgtgacgtca
tgatgatttttatctccgaataaacggaatcgagttatcagcacacgcgtcacgaacatt
gtttaccaactgaatacaattgttaagttatttaaataaattttaatcaccttaaaccga
gctgaattacacgccgatcaaacatatattatttgttttactttgtcgttacatttgtac
ttgctaaagcaaattcgctttaaaaaacggcccttctgaaagctttgactggtaaatgac
atcaaagctgcggcgtttaaaagctgtttactgttcgttgtttaatcggtacagtgtttg
gtgtttattctatactccagtctggtttattttatttattttacaccgttttggttaatt
ttgttgcgtaatttaaaatctggtacactgtttgtcccgtatttccctacccgcattacg
agacctgattttacgctgtgtgacgtcacgccatatggcacaaaatgcaactttaaacga
ataagcagcgtccacaaaatacatatcgggtgtattgcgtcgcgctaattgctcagattt
ccggaagtataatatttcaaccaatctctgcttattaaaacgttagattgactaattaga
aaccacgaataatgttaattgctccaacccagtggttcattaattatgggttgtctaaaa
taaatgttggccaacacatttcagaaaattaagaattccaaagtgttaatcacccacaaa
gtaacatacgtagtagctcgtaagcgggcacgaggtgtatgaaacagaacacccgtgtta
taacaactgccatcatagatatctaaacatatgtttagatatctatgctgccattactcc
gcaatgcgcggataaataaattacattcattcgtatttgcaaaaatggtgtttttatgtc
tgtacggtccgggcataaagacgacagattgccacgcatgcagtcgggatcaattattta
taaataatatgaattattcacgaggaatggcgctttcctgagccccgtgatttaggaaaa
tttgagaaaaatcacaaaaataaattacgaagtcgaaaatggagaaattttgggtaattt
ttatcatgaaatatgacatgcgtccaaattcgtgtatagtaggttggggtaaagtggtcc
atgtttttattctatttgtcgtctcatttagtagtaaacaaagaatattcacaaaattat
aactgtatccttgcgactctaaacaagcgttgttggttgttacaaaacgacctggaatta
tgggatattttgtgctgtacccatcttaccccacgatgctataaattctgattaaaaagc
gacaagtttgtcaatagtaatttggagcttataattgacgaaacaaagtaatggttcggt
ttataaatgaaaataattgaaatatatactggaacattctttatcgattaggagaatgac
ttttgaaaaatataaataatttctttataaaatcgggttggaaaatagaaataaaataag
acagtaatgtgccggtatacattttttctatattgattaaaattgaaacgtaaaataaaa
ttgtcaaaacgcaaagtggaatacagcgtaagacaataaatgtaattggacagttacggc
ttagtttaattgccataattttgtttactaccaaatggaacggtaaagtagaataaagtc
ctggaccatcttacccaacctatactgtatttaaagacgacgtaaattggcatgtagtcg
catttaaattctgagcaatattttgtgtctctcggcagcgcgcatgaggttcggcgtata
agagaaccgaatgcactttcccacagaagaagcggtgaatataatacagacatagtaatg
tctggtgccgcagcaaaattcccaggttcccatgcatatgtccccgtatactatcgccag
acaaggtaactttcccactcaaaaaaacggtgtccaaccgcggtcatgctttgttacgtc
ccagagtcaaggtcaggtattggcccggtcgtctgttcggtttttgagattcgtttccac
tcggaaaacgctattgtttcatcgctatccatttgtttgctaacgtctaagtcgccgccc
gcatttgctggaagatttgccttttttctccgatttgtgacgtcacagtgcttcggctga
tctctctgtttcatcccgatgcgcctttttctctactttctctcggagctatataagcag
atcgtaatttctactttcactataatctgttttggttctacagagcccagtggctcatat
ttgcagaatgcattcgcagcatttctggcaaatatttcgtattaacaaaacctgtcaggc
cagggctttttgcaaaaggcattgtgacatatattttgtatatgtcaaactctagctaaa
gtttaaagttattcaaaactattttaggaaagtacggagagcagaataccatattttatt
gctaaaatttctttttcttcagaaacttaacaaatatcttatttcatttcagatttcaat
cttgatattataaaaattttgctcttgctacaaaatgttggat
