- Region 'REG00000867'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-vAChTP -4660/106
Short name
n/a
Region ID
REG00000867
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Katsumi Takamura (2010-07-21)
Annotator
Clara Degos (2011-08-16)
Curator
Delphine Dauga (2011-08-16)
Coordinates are based on JGI transcript model.
4,530,7564,535,521
Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
---|
Aniseed Coordinates: [4,530,756 / 4,535,521] on scaffold KhC1
This sequence was found thanks to the primers used in the paper.
GCAGCGCTGTTATACCGGCAATCGTAAAAATGTGGCGGAATAAACTGTATATACTCAAAG
CTTTTAATTCATTTTCCGTTTCACAGTCAGCCGAATTACTACGTTGCTGTATCAGTGTTA
GTTAGTGTGATTTTGTTTCCCAATAAGAACGGACGCGATAGTTTCTTCAGTTAAGCTTAC
TTATTATTTTAAAAATTAAGATTTTTTGCACATCGTCTTTGTAAAACCAGTGGTTTAATT
ATTAATATTCGATATAAAATTGTGACGCAGACTTTTTCTTGCGGTGCCGGATAATCTATT
TTAACTTAATTAAACCTGGAGTTGGACCTACGTCAGACATAAAAGCCCTACTGTAACACA
GTAACTGGCGGCTTATATGCCGTTTTCTATTAATTACGGGGAAGCATATTCTAATGGACA
ATAAATTAATATCTGTGTCAACATGACAAGTGACTGAATATCGTAATGTAGGCCTAATAT
GAAACGTGTTAAGAATTAAATCTTCACAGTGGTAATGTGTATTTCATGTTACATTGTGTA
CTGTCTTGTCATTTGGGAATTGTGCAGATTGCAGATCGTAATCCAAGAGAGAATTATAGA
CAAGTTTTCTTCAATAATATCTAATTCTTCATTCTCTTTACGAGTTCACTTACCAGTTAA
TTGACTTTTATATTTCAAAATTTCATTTAACCAGTTTTGCTTAACCTACGGTTAGCTTGC
GCTTTCACACCTCTACTTTGAAATAACTGCGCGAGCTCTGGCTAGTTTTGCGGTTACCTC
GCAGTTTTCACATTAAATTTAAGTCCAGTCATTGAATAATCTTATGGAAGAAATTCTGCA
TTTCGTAATTTTTATTGTATATAACGTTGTTTTAAGCACACGTTCAAAAATTTAATAAAA
GTTACAATAAGTTATTTAGCGATTTGCACAACAGCTGAAATTTTACCAATTCAAAATCAC
GCGGGGTAAGATGAGACTGTTTAAAATCTTTATTAGTTTTGAATAATAAATGAATAATAT
TAGAAATACATGTAAACAACCCGAAATAATATTGTACGCTTTGTAAATGAAAATTAAACA
TTCTTTCCTTGATCCCTGTTATAGTTTTTAACACGTTGCATCCCGGTTAGCAAATGTTCC
ACCTTACCCCAGTCCCGTCTTCCCCCTACCTACTATCACTCTTACGATTTTCACATCCCC
ATGTGACGTATAACCACATAGGCATAGTTCCGATCGAGCGATGAAACAGTGATGTTGGTT
AGCGTGGGGTAAGATGAGACACTTAAGAATATGTTTTCTAATATTAAAAAAATAATAAAA
TTGACTGTTTTTTGGTCATGGCATGAGTTTGTATTATCATAGCTTTATTAACTGACAACA
TGAAATATATAAACCACATATAACGTATTTATGGGAATTGATATTGTTTGAACGATAATT
AATAAAAATTGTATATCCTACAGATGCAAATAAACTTATAACAACAGAAAGTTGACAATA
CTTAATAATGAGATTATATCGGTATATTAAGTTTAAACTACTCTTGAGGTTTAAATTATT
AAATAACAAACAAACCGTTTAAATTTTTGGGTTTGTTTTCTTTTATTGTTATCCTATCCT
TATGGGTCAACCCTCTTTAAAGCTCCTTTTGTACGGGTCGCGTCTTTACGTACATTTCTG
TCTCTATTAGAAGTTTAACTGAAAATAATTAAACATAAATGACTCGTTTGCATGCTAGGT
GTAGCGAACACGCTTATTTTCTTCCAATTATTGTAAATATGTTCTTAAATGTAAGCGTAT
TTTAACAACTGTTGTTTTATCGCAATATCCTGCATTTTTGTTTTAAATACTTTTAAGTCT
TTGCTACTATAATCGAAAAGACAAATAAAGTAATTATTAAAAGGTTAACAGGTTTTATGT
CAATAATATTCTGCAAAACAGTGTTTTTAATTTTATTTTTAATCCAATTCATACTGCTGG
CTCCTGCCAATTAATAAAGGTACATTGGCGTGGGAAAAGATGGGACACCTTTAGCACATA
ATATCTAGATATCCTGATCGCATTTTAAACAATTAAACGGTCTAGGAGAGTCGTGAGGGC
ACCACTTTATGATTTTTTGAATGTTCTTTGTTTACTACCAAATGGAACTATAGAAAGTCG
AAGAAAAAGGTGTCCTACCTTACCCCACCCTACGATATATATCCGTATTTCTTAAACGGA
TTTTATGAAACAAAATCAAACAGTACGAAATATTTCAGCCTATTTTATTTAACTAAAGTA
CTTGATTAATGATTTAAACTAGCAAACTACAAAATTTTGCCAATTTTAATATGATTTACC
GAGCAACTTTTATTACTTAAAAAAACGGTAAATGCCTTTGCCGCGCAATTTGTTAGACTG
TGAGAATCCTGTTGAATGTTACTAACATTTTGTTTCACCTCTTATCAAATAGGTATCCTA
CCCAGAAAAGAAGATTTTACAATATTCTATTTTACCCCATGTTCCACGATTCCCCACTCT
GCTATATAATAGTATTTTAAACAAGTCGTAGTTTATAGAGGACTTGAGCGAAACTTTTAT
TACGTCGTAAACCTTTGGCTACCATCATCTGCCTCAAAACAAAATTAATTAAAGAAATGC
GTTAGTGTATCCTTTGACTCGGAATCAATCAAATCAAGCAAAAATCAATATGTGAAATTA
ACCATTTAGACCTTGTGTCATTCCCATTGCGGTGACTTGTCCTAGTTGTGCGTTTTTATC
AGCAGATTGATTTAACAGTCACCGGAACAGGCAAGACAATATTTCAAACCAGCCAATGTT
AATTTCAGACAAATGAAGCAATCTGAAAATCAGAACAAATCAAAAAACATAAGTTTTGGT
TTTTAAAGCATAGAAAACGTACCGTATTTTTTAATGTAATTGTTAAATTTTGTTATTTAA
TATAGTAGGGTAGGGGGAGATGGGACACTTTTTCATTCTGTTTTCTCGTCTTGGTAGCAA
ACAAAAACATTAAAAGAATTATAAAACCGTATCCTCGCGACTCCTACAGACCGTTTAAAA
CAGGATATTTGGATATTCTGTTCTAAAGGTGTCCCATCTTACCCCACAGTACTATACACT
ATACACATTCTGTACCGATATATTTTATTGATTAAATTTGAAGTTGTTAAACTTAATTAC
GATTAAATTTCGGCAAATTGAAAATGAGCCATGAATTAATCAAAAATTATTCTTGATCGT
TGTTTTGTAAAACATAACTTTTTTTTGATTTTTTTGGGAGGCGCCCTGTGTTCCACTTAT
TATTATTTGTTTGTTTTGCTATGTCAATACTTTAATATAAAAGAAATTAATATTGGCTGA
CATTTCAATTTAACGCTAGGCTTATGTTTTGTTTCGTGAATAATCTGCATAAAGAAAAAA
AGCAGTATCGACTCTCCTATTGTTGAATCACTCTTGCTTCCCTTCCATTGTGCAGGAGAT
AGTGACGCAATGAACATTGATTTTAACGCTTCTAGTCAGTTGGGCCCTTGCTCACAATTG
CCTAAAATTTGATCAATTGTGGATTGAAAAGTTAATATTCTTTCCTGAATTAACATGTCT
ATAGGTAAGGTATTGAGACGGCTCCCATTTAATTTCTTGTCCGATCTTTATAAAAAAATA
TTTGTTAAAGGTACGTTTAATTTGAACATATAGTGCAGAAGTCTTCGGAATTTTCATATA
GAGTTATTTTTTAGATACTATATGCGACATATTTTCATAGCCCAAATTAAATTGTTTTAT
AATTTGTTTGGCTTTTACAGATTTTAATTTAACTTAGGTGTACGATTCAATAGAAAGATT
TTAACCTGTAAAAATACGTGCAAGTTGTTTGGAAATACCTTTTTTGTTGGACAAAGTTGT
ATCAGGTAAGTTGATAGCATGTATCTTAAATCTGGCGTGGTGTTTATGTATTGGCTTCAT
CATGAAATAGTTTGTTTTGTCCTTTTACTTGTCAATTTTATTTAAATTACATGAGGGTAC
AATTCATTATAACGTACTTCGGTGAAAGGTTAATGTTAACAAATGCCGTCCGGTCTTCTG
CGTATCTTTCGATTTCGTATTAATTATGCATAGAAAGGGTTTAAGTGCAATGCTATTTCT
GATGATGTGTGTGTAACACCAACGACCTGATGACGAAAAACTTGACTGTTTATTAAATAA
AATAGCGCAACAAGACGGCGGAATTTATAAATGGCATGTTGCTCGTAAACAGCAGCGCGT
GCCTGTTTTAACTCTGGAGAAACAAGTTATATTCAACTATTTGTTATCTCACAAAGCACG
GTATTGCACTCTTATCTAATGTACTAATACAAATATATATATATATATATATATATATAT
CTAGCTGTTGTCGAGGTAAGATGAACTGCAGTTAACAATAAAAACCAACTTCGTTATACA
CAAATTCAATATAAAGCGACAGCTCAGTGTTGTAGAGTAGGTACCCAACTTTCTTAATCT
GCAAAAGGCAAATACATGATTTATAATATGTAACTCAGCATAACAACCTGTTTTTGCCTT
TTGCAGATTACATCTGAGGGCGGGTTGTGTGGGTCAGAAATTTATCAAAGGAAAATAAAG
TTGATTGAAAGCAAATTTGTTTCTACTTTATTGTTCATCATGGACGTTTGTAGACAGTAC
GGTAACATCGTGGCCACCTTAGCTCATGGTTGCATTAATAAACTTAGAGATTTAACTGCA
CCTCTACGTGACCGAATCAGCGATGG