- Region 'REG00000840'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-beta4GalT -2957/63
Short name
n/a
Region ID
REG00000840
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Hiroki Takahashi (2010-07-07)
Annotator
Clara Degos (2010-07-07)
Curator
Delphine Dauga (2010-07-15)
Region upstream of Ci-beta4GalT from -2957bp to +63bp, driving notochord expression.
The corresponding construct is named p(-3.0 k) beta4GalT/lacZ in the paper.
Be careful, coordinates in the paper may be different from ANISEED coordinates. We took the KH transcript model as reference.
3,442,5433,445,562
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [3,442,543 / 3,445,562] on scaffold KhC11
Sequence found thanks to the primers used in the paper.
Show sequence
Length: 3,020
ACCTCGTATAAAAGTGCTGCTTAAAATTATTTGGTAGTGCCTAGAGTTTAATGTCTGTAT
ATAGGCTTGTTTAGGAGTACTATAAACATCGAAAGATATATAGTTCTGTGGGGTAAGATG
GCATACCGTTAGCATCTATATCCTAAACTTCCTGATTGTGTTTTTAACTCTTCACCACAC
CCTTAAGAGCCACCGTTATATATTCTGTAAATATTGTTTTGTTTTCTATCAATTGGATCG
ACAACATGGAATGCAGGTCACATCTTGCCCTACCCTAGTATGGGGAACTTAATTTTGGCG
TAAAGTTGTGTATACTGTAGCTACTATTGTATACCAGCGAAGTAGGGTGTATAGGTCTGA
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CGGGGATTTTCCTGACAGCTTTACAATTTTTTTACTAACAATTTTACGTTGTAAGAATGC
CTATGCATTGTGTATATAGAGGACAGTAGGTTTTGAAACTGTTTACGACGCAAGTCTTAC
TATAAAGTCGGCTTCACACTTTTAAGAAATGATAAATGGACATGGCCATTTAAAGAATAG
TGTGACCGTAGAACATTTGCAAGTTATAAAATATATTTTAAACTGTATTTTTATAATAGT
GGCTTTAATAGAGTTTAAATGAAAATCTGTGTTAAGTTATATACAGTAATTGTAGATTGG
GTAGTTTTGTCATGACTCATGTTCCTACTAAATGTAGTTTAGTTATACAGTCGATTATAA
AATGGAAAAACAACTAGAAACAGTAGGTATCTAGGTATCAATATCAATTCCCCGTCAGAT
TATGAAAGAGAAATAAAAGAAATATGATCGCTTGGTAATCATAAGTTTTGGAAGTAATAC
TTGGCTAGGTCACAAGATTGAATCATATGCGTAAATATGTTATGACGTAATGTTTATATC
AAAACATAACAACAATTAAGCTACTCCTAATATGCCTAGTTTAAGGGAGTTACTTTTGTA
AATATATAGTAGGGTGGAGGAAGCTGGGACACCTTTTCATTCTATTTACTGGTCACATTT
AGTAGTAAACATAGAATATTTAACGAATTATAAATCAATAACTTTACGTCTTCCATAGAC
CTTTGTTAATTGTTAAAAACAGGATTAGGACATTTAAATATTAGGTGATAAAGATGTCCC
ATCTTCCCCCAACCTACTATATACACAATTTGCGTGCAAAAAAACTTTAAAAATTTTATG
TAAAAACTCTGTTTGATAAACCGTGACCTAAAGTGCATTACTTAACTGTTTTAAAAACTC
GGTAATTCTTTTCTGCTAAAACGTGGTAAACAAACATTGGTTGACGAGAAATAAATGCTT
ATTTTGTCGGTTTTAAAGAAAGACCGAAATACTAGATTGTAATGTATAAGTACTGTGTGG
TAAGATGTTAGCACAAACGATGTTTCGTAGTCGTGGTGCTACATTTACAGTTATTCCGTT
AATTTTCTTTGTTTACTACCAAATGGGACGGGAAAGGAGAATAAAAACAGCATGTCCTAT
CTTACCCCACTCTATTACAGTATTGGTTAGACTAGAAGTTGTAAATAAAAAATAGATCAT
ACCATTACAAATATAGCTAATAGCTATTCATAAAAGCAGATGTTGTCTTAAATACGTCCT
TGTCGATAAGGAAACGAAACCGAAAGGTATGTGACGTCATTTCGTTTATATATCCGCTTT
CCTCTGAGCTATACCACGCTAACGAACAATGCTTTTCAAACATCGATATTAATTCAATAC
TAATATCAGTTGTTAATAGTTAACGTTTCACGATAAGGGTTTACAGAACAGTTTTTGTAT
ACCGAACGGAAACATGTGTGTAACCGAATATATTCTGCGAACTATGGTTCAATTCTCTTC
ACAAAGCGAGCCTACGCCCGATACGCACCGGTGATTTTGTGAATCAGTCTGCTCGTACTC
GATTGATATGGCAACCTCTCCCGGTACAGCCCAGTTCGCAGTTACTGTAGTGAAGAGGCG
GTAATGCCAGACTAAAGTTCAGACCAGTGTTATAGCGTTGTTGGATTTACTGTAATGTTG
TAACGCTTGTTACACCTGTATGCTTGTGTTATAAAGAGTGCATAGATAGCTTTTGTTCCA
AATCAAATAGTTGTACAGTATTGAAAAAGGTTTATGTAGACTTAAGTTAAGTCTTTTAAC
TAAAATATTGTAACGCATTGATGACTGTAAGCATATCTCAGACCGTGTTAATGTTCAATG
AGTCATAGCTCTTGTTTGACAAGCCATGTTTAACTTACATACGTGTCAATCAGGATAACT
GTATGCATATTTTCTGTGTTGTTTGTTAAAATTGTTTGACTTATGCGTTTATCTAGTTTT
GTTTTAAGAGCTTCTCTGTCAATGCTAACAGCCAGTCAGTAACAGTGACTTGTTGCCTCG
GGCCCAACTGTTAACAGTTAAACACACACTCTACTACGTGTGTAGAGAAGCCAGTCCAAT
GTTGCTCTTACGTGTATATGCTGGTGTGGGATCAGGAAATGACCAACCTATTCTGTTATG
ACACCAGACTAGTTTCTTGTTTTAATGTTATCACAGCTAGGGACAGCTGTTAGATATATT
ACCGTTAGAGGAAGTAGTTCTGTGCCGTCACATGTGCTTAATAGGATAAACTAGTCTTAT
TTCAGGGTAGTATTATTGAACTGATTGTAAACCTTATCTCGTGACGGGAATGACGTGACT
GGTAGTTTTGGTGTGTGCACTATTAGTTTGGCGTCAGTTTTTGCGAGGTGTTAAATAATG
AAAGCGGTATCGCCTGTTTCGTATAACTGTTTGTTAACCGGTTTAACTGTTTATTTTATT
GATGCTTTTATTCGTAGGTGCTGCTAGCTTAATATTTCAGGAGCGGTCTATATTTTGTAT
ACGTGGTTACATGTCACTCA
