Login
Help

CIS-REGULATION

Submit your Data

  1. Region 'REG00000709'

Cis-regulatory Region

Name

Ci-PDE9 -4412/6333

Short name

n/a

Region ID

REG00000709

Status

Curated

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

no_output

Author

Delphine Dauga (2010-06-08)

Annotator

Delphine Dauga (2010-06-08)

Curator

Delphine Dauga (2010-06-08)


Description

Root region, untested.

Construct(s) made to test this region
n/a
Overview of functional TF binding sites in this region

5,957,5935,968,336

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [5,957,593 / 5,968,336] on scaffold KhC9

Sequence from JGI V1.0

Show sequence

Length: 10,744

AAATTCATGGCTGATATACCCGGTTGCTTCGCCACAAACATGTGTGTGTCTCGTGCGGTT
CCGAGTAACCCTGACCGCTGCTCTAAATCTTGGTGCAAAGATATGTAGCTAACAGATTCA
AGCAGATACGAGGGAAGTGCGTACGTACCGCAAAAAGCATTACTGCGAATCGGGGAATGA
CGGAAATGCGGGACATTTTGCAGAAAAATACGTTGGTACGACGTTAGTTTAAAGGTCTAT
CAATTTGCGGACAAACCTTAATAATATGCTGCAGTTCGCAATCAAACTGATCTGATCAAG
TTATTTGATAGAGAAATTCACTCGGTCCGCTTTCCCAGAATTCCCGATGCCCACAACAGC
TGCATAAGCCGGTAAATAAATTGACATAAAAGTCGTGACCGAAAGGGGCTGATTTTGGAT
GACACGCGTCAATTCTCCTAACAAACTACATCACTACCGGGCTGATTATTCAGGACGTTT
AAGGACAATTTTTAATGCAAATCATGCGGTGTAAATATTGTTCTTGGGGATTTAACTGGA
ACGAGGGTGCGGGTACAAGGTTCAACCGGCTTCCCTGAAGTTCCAAACCTAAACATGTCA
AACACCGTTATCTTAACTCTAAGCTAAACAGGTTCATTACTTGACCGTATATAGTGCTTC
ACCATCGGGGAAAATTTGCTCAGGTCGAACAAAGGCGAATGTGTGAAACATGCATAACGT
CAATACCTCGAATAAAACATGTTGCAATTGCTTCTGTGTGGCGCTTATCTTGCTGTGATG
TAATCTAGATGAGCTGGTAATGACACGCCACAATGCCAACTATGACGTACAACCGCCGAC
GGCGTGACAACAGTCACTACGGCGGATTTACGCGGCGAAAACGTCATTGCGGCTTTATAT
AATGTTGTCGTAATGTAGTAACGCTTATGTTATTGTGATGACGGCGAAAGAAAACACAAG
CGATATGCTATAGTTCCACAATAACCTACTTTTTTAGCAGCATCAAAGCGTCGCATGACC
TCTTTAGCGGGATATTTTACACCGTCATTCATGGATTGGGTATCGCATATTTCATCAACG
GCATTCTACTAACTCAGCTATCACGATTGATAGGCGTACCCTTTGTTTGATGACGTTGGC
CAAGTAATGCAAGCGCTGTCACGCGAATCAGTGCGGGTTAGCGTGCGACTGATCGCTGTA
TGCGTGCGAGTGCATGAAGCATGCGACAAAGAATGTTGTTTTGATCGGGAGTTACTATAT
AGGCCGCACGCGCAAACTCACTTTGGGGCTTACCTTGCCACATAATTACAAGTGTCGTAG
CATACAACGTAATGGGAAGTGCAGACTAATCTGCTCACCGGATTATACACATGCAAACGT
ACGCACATTTACAGTTCCGATACGGTGTTCTAGGAAAAGATTACATCGCATTCTATGCGC
TATCATTGCTGCGTTGATAATTGTGCATGACGCGGACAAAAGCAAACCCCTAACAATATA
TACAAGATAATTCTGCATGTCATATATAGGAGAATTAACTTGTTTACACTCCAATGGAAT
TGTCTTAAATACTTGCGTGAGAATATTTTCTCCTTACCTTAAAATCCGGAACCTTCCGAA
ATGCGTTTTTAAACCAATCGGACGAGTCTGATTGCTATATTTAGAAATGTCATATTTTAT
CACTATTTATCGCTATTTTAATTGATTTACATTTTCTTTGAGACTGACAGAACCAAAACA
TCAACCAAACACGTTAACAAAACATTGTACAGTAGAATGGGCAAAGACGGGACACTTCTG
GCACATAATGTGCCAGATATTCTGATCGCGTTTTAAACAATCAACAACGGTCTATATGAG
TTGTGAGAATACGCATTAAAAATTTTTTGAATGTTATTTATTTTCTACCGAATGGAACGT
GAAAATAGATTGGAAAGGCGTCCCATCTTCTCCCACCCTACCATATGAACAATTCAATCA
CACCAGTTAAAAATGGTGAATAAAATATCCCACATTTAAAAAATCAAATTTTAAACCAAA
TGTAGTATAGAAACTTAACATATAACAGCGTCTTAGTCTTTCTGGTAAACAATAGCATAT
TTCGCAGCTCCATCGCGGCGAAGTAAAGAAACCGAATCTTATTCATACAAAGTCCTAATT
CAATTATATTCACTGGATGGTTGAAATGGCTTAGGTAAAGGGCAAACAACACACGATGTT
TCAGCTGTGGGCGCTGCCTATATATTGACCAATGGCCAGTCCTTTAAGCGCACCGGTTAT
TAATAAAACTTCGACACCACACAAACATTCTGCCCGAAAGCTGGAGGATATTCTCATAAG
TTAAAGGTCATTCCGCAATTACTGAAGTGTTTAAGTATAATATAACACCCTACACTGATG
TATGCGGCAATTAACATATGTAATTGCTACGTTGATCATTATATCGAGTGGAGACGATGT
GTTGGTTATGTTTATATATCGTACAGGGTCTATAGGGGGGAACAGTAATCCCCTGCCGTT
GAAAAACGGGTATTACAGGTTCGATATTTATAGTATTATCTTATGCCCCATGAATCATTT
TCCTTGAATGTTTTTTCTATGTTTTACATTGCGATAACGCACACCACAAATTACGCTGCA
ACTTACGCAGAACGAAAGGTCTTTTGAGAAAATTTCCGCGCAGGCTATTGCGTCACGCTT
ACGTACGTCAAACCCTTTTCTCAAGGTTAAAATACCCGTGTCGGCAGGAAAAGGGGCCGG
ATACGAAAACTTGGCTCAAAATGCCTGGAAATTCCTAAGAGTTTTGTAAAATCGCGCAGC
AACGGTAAAAACACGTCTGCGTTGCTAGGTAATTTGCGATGACATAGGCAGGGGCTTTGC
TTTGTTGGAAAGCGCATATTGTCCTGGTCGCTCCCCTATTGTTACAGTACAATACGCCGT
GCTCAGTGGGAATGACGTTTTTATTCCATCGGCCACTTGAATAGCGTTCCAAGCCAAGCG
TCCTGTTGGAAACCTGCCACCTCATTCGTCTCTATTGTTGTGCTGTGTTACGAGGCGCTG
ATAGAGCGTTTAATTGTCGTTGCTTTCCAGTCGCAGTGGCCGCTATTTAAGAGTGGCGAT
TGTAAAGCGTGCATGCGAATGTTAAGAGTTATTGTTGAGAGTTTAGTTAATCCTGCACTT
GGGGGAATTGTAAGCGCTTTATTGATCCAGTTATTGAGGGACGACGGCCCTGGACCTTTA
AACCCCTATTCGTTGTAATCAAATTATAACCCACATGTTTTCCTATAAATAAACCAATAT
TGGCAGCTTACGCTTATGAAGCAGTTTCATTAGTAGCGAAATCGAAAAGGTCGATAGCTT
AAGCCCCATTACATATATAGTTACGTGCACAGCAGCTATCGGTATCGATTATGTACAGTA
TAAGCGGCTGGTATAGCGTTGTTGGGCGGATGGGTGATGCAATGCAGTCAGTCAAACACC
CGACAATTATTCCGGTTTATGATTATTCAAACTTTATGAAGTGCCGCTCGTAAACTGGGG
TAACTGGTTCGAATGTTGACGCAGTTAATGTTTATGTGTTAGAATTACGTGAACAACGTT
AACGCAGGGATATAGAGGACTGACTACTACAGTTTGCCCTAGTGTATATGCGTACCGCCT
CAAAGAGTAGGGATTAAAACGGAATGCATTAAAAGTGATTAGTAACAAATAAAGGATAAC
GAACTGCCTGTAAGTGTTAAGTGTAATTAAAACCCTGGATCTGGGTGAAGGACGGATTAC
GCACTTGGCCTAAAACTAATTTGGTTTGACTTTCAAGCTGTTGAGGGAAGAAATGAATAC
GCCATCTCGTTTTCGGGTGAGCGCCCATAGTACGTCATTCGGAATTTGGTAGCTTTTCCA
GCAGTAAGAAGGAGTTGGACTAAACTTTTGGTATAAAGCTGCGTACATACAGTAGCTGAC
TTGTTTTCGTCTTAGCTCCATTGCCGGCTAGCGTAATTTATGATGCTGACAAATTCGAGC
TCTGACTGTAGCACGTTCGCCATCCGAAAATAGATTCACCCGAAAAATTAATGCCGGTTG
CTTATTACAAACAAGCGCAGTGTTTTGTGGTGCTGCTCTACAGTTTGTGTTGTAAACTAA
AGCACCTATTCCCGGGCAGTGCAGAGCAGAAAGGAGAAGAGCGCTTCTCGGCAGCAGCGA
AACCTTGCCCGGAAATGCAACCCTGAAAATCGACTGTTTTCGCGGTAGATGAGTTAGTCG
ATTGCAGGAAATAATATGATTTCTCATTCACTTGTATTTACAAGACTACGTGTTCAATGA
CAGGGCTAAAGGTAGTACGTGTGCAACGAGGTAGTAAATACGTATGGTTTCCACTTTGTA
GAAAGTTTGAATTATAAATCTAAACTATATACAGATTCTACAACAGCATAGGGTAAGATA
TTGATTTGCGTGATCTGACATTAAAAGAAACAGAAACGAATTTTCAAATCCAAATCAATT
GCAAATGTCGACACACGCTAAAACCGTGACGTCATCGAATGACGTCAATGGTGACGTGGA
TCCGTCTCGAGATGACAACCTGTCAGAAACATCAAGCTCTAGGGAAGAGGCTGAGCTAGA
TAAAGGAGCATCTTCGGAGTCCGGTTCAGTCAGATCTGGTGAACAAATCGAAGAGATTTT
GGACGAAGAAACTGCTTCGGGCGGATCCGATCTATCCTTACAAGAAGAAAAGATCGAAAT
GCAAAGCAATGGAGCTCCAGACATTGGCAATGAGTAAGTGTTAACGTTGTATGTTTTAAA
TCATCTTTTAACGGCTTATCTTGCATGAAAATACTCAGTGTATATTTCCTACGTTTCGTC
CGCCATCCCGCAATACTCAAGGTTTATGTTTTATAACGTTGAGGTTTACCGCTTCATGCA
TGCAATGTGTACGGAAGTTGACGCGTTTGAATTACGCGCTGTAACGTTGGGTTTAACGGA
GTGCATTATATAAGGCTTAGTGGTAATTCAAATGGGTTCAATTCCAAAAAAGGAGGTACG
TTCTGGCATGTTGTGTGGTCGTGGTGTTTTTCATACGTTTTTAAACATGGACTTTTTATG
AAGTGATCTTTGTAACATGTTGCGGGTTGGACGTTTCATGTTGGTTTTTATTTTGAAACA
AACAAGACGCGTGTAGTTGTGTTTTAATTTAAAACAGACACCATAACACAAGAGTTGCTA
TTAAAGCGCTTGAATGCTTTACGAGATCCATCGCCCTTGGAAACATAAGTAGCAAAGTCC
ATACAATACATTCCTATTAATTAGCTCTGGGCTGGCACAAACAAGCGGCCGAAGTTCCTT
TGACTGTCGGGTGGTCCAATCGGTATAATTGCCAGCGGTTTTTGGATATCCTATTTTAAA
TACCATAGCTGAGGACTTATAAGGGAGCGGCGCAATGAGTGAAAGCCAATACGGTTGGTT
TTGCTGTTGGGGCAACACCAGAGACTGTTGCATAAATGCCGAGAAAGCCAGAGCAAAGCA
ATGCCGCCTGTCGGTATAGTTTAGAAGGTTGCAACGCTAAATGCTACGTAGGCGAGTCGG
GAGTCATGATTTGGTGCTTTGACGTCATGGCGGTTGGTTGCGGGCAAAACCAATTCCCTT
AATTTACATTTCACTCTACATTACGCGCCCGCACCATCCATCAGCGGTGTCTTGATTAAG
GGCGAGGAATTGTTGCCATGAGATTTGCGGGCGACTTGGGTTATTTTTGACGTCGACATC
GTCACTGAAAAAACACCGACCTGTCTAAATTTCGAATCGGGGAAAGCCGAACATGGAATT
AAAAACGCATCAGTCGTATTGCTGCGAGATTTTGTAGCAGTGATTGCTTATCTAAACACT
CGCGCCGCTAAATACAAATGACAAATCAAAAGTCAGTGACTTGCCTCGTTAGAAGCGAAA
GCAACGCAAGATGGTGACAGAGATTTGAAACCACGATATTTGAACAATGTTTCAATGAAC
CCGGTGTCGCAGTTTTGAAAGGAGCAAAAATGGCGGACGTGTCGTACAAGTTCTTCAGTA
AAATTGGTGGGTGTCGTCATTTACGGCATAATTGGGAGGCGCGATTAATCGTTCGTGACG
TCAAATTGAATTAAGTTGTCAGGGCGGCGCTTATCTCGCACTTGCACGGCTGCAAATTGC
AGGACATAATTCCAGAAGGATGTAAGCCCGCTTTGTACCAACGTCGGCTTAACAACAGAT
CCCATATCACCTAAAGGCGGCTACACGTGATCGTTGTGGATAACGCTTTCGCGGAACAAT
ATCACACTTCGACCATGAATGGTTGCATAAGAAACATCAAAGGAGGTTTACAAGTTCAAC
GGTCGTTTCACTGAAAACAACACTGTTGTGCATTCCATACATTAAACCGGGTCATGCTTT
ACCTGAAATCTACATATTTTGACCTTTGTTAAATAAGGCTTAACAACATTTTAAAATGGT
GTCGTTAAAAGGCTTATAATATTCATAATTTTTCGAATAAACAAAACAACCACCGTTGAT
TTAAAACTTAAACAACAATAAACTGATGGGAGATACAGAATCTACATTGATGAATGATAC
TGGAGAAGAAAATGCCTTTGGAAGTGGTGTTATGCAAAAATTACCGCTACGTATACGGCG
CCTTTAAGGTTATGATCATATTTGCCAGCAGTTTATTAATGTACGAAGTCCATTCGTAAG
TCCAAAGGGTAAGCTGCAGCGATGCTGTCGGCTATTTGAGATAAAATCGGATCTGTTGCT
ACCGAATTCGCCTTAAAGTTCGGCGCGAGTTCTTTTAGCTTTCCCGCGCCTCTGTTTATT
TAGAGATGCATTTTGGACAACTTATCGCGCGGAGTTAATTATCTCATATACGTCCAGCAA
CATCTACGTGCAGTAGATTATGATAAACGTAGACGTTTTTTGGCATTTGGTATTTTGTGA
GTAATTCATCATTTTTCCGCCAAGGTGAGAAGTCTTGGATTGACGAATGCCTGCGGTTTC
CACCGTGTTTATCTACGTCACGTAAATACCGGGCTCGCGTAATCTAGTCATTCTGCGGGT
TGTTCATCCACTCGGGTTAACTTAGACGAAGACTGCGGCTCATGTGCTCACCGATCTAGC
TCTACGGAAGCCGCAGTAACGATAGGCTTCGAATCCGTCCCCCGCACAAGTGGAACGAAT
TAAGATTGCCATAAAAAGTGACAGTGCTCATCGGCGGGCTATGCATTTCTCGTATTTATT
ACGCAACGCGTCGACTTTCTTGGAAACAACACATCCTGTCGAACCTTCCTACGTCATACA
TTGACGCCTCGTAATATTGGGCTGTGGGAAATGATTTGCGTCTGACGTCGCTACAACCGT
TCATTTTGTGTTACCCGTTCCGGTCAGGAGTATTTCGGGTTTTGATTAAAAACAGGTTGG
GCATGAACTTTCGGTTCGTCTAAATTTTTTAGTCTGAACTTTTGCGGAATGTCCGGAAAC
ACGGAGCCTTTGTCCGTTTGTATAATGTCTATACGGTGTTGTTTACGAGTGAAATTCCAA
GAAGTGCTACAACTACGGTGGGAAATGCGCAACTAGTGTTTAATTAAATTGGCCAGCGTG
AGATAGCCACAGCTTCTTGTTTTAAGACACGAACTCTTCGCGACCGACAATTACAATGAA
TCGGTAAAAGCAGTTCAAGGAGTGACATCACAATTCGACTCGAGAGGTCACGGCCGAAGC
GGCTCGGCCAGACAGAACGCGAAAAATAATTACACGCGAGTGTCGTCATACGCGATAACC
ATCAGCGTTTGTCACAACTAAAAATGACACGGTGCTGGGAAAGTACTGCCGCCCGCGCTG
CAAATTGCTACCCTCGCGACCATGTAATAGCCCGTCGCTACAATGGCTCGCATTTGTGCG
GCTTCTTGCACCCGCGTGGCAAGATAGAAGGTTGCACTGTTACGATACAATTGAGTGGCG
GAAAGAGACGCGGTCAGGATCCGGCGCGCGCCTCAAAGCGCCAGGCGCGAACTGTTACTA
AGCACTAAGCAATTGCCATTGTTTTTGGCGTTAATTCCCACGTTCGCGCGACACTGACCG
CTTAGAATTCGGAAATTACAATCGCTGGCTTCCCGAACTTACAATGGTACATGACGTCAA
CTATACGAGCTGTTGTTTGGGCTGTTGATGCTCGATTGTCTTCTTGATAATCGAAGATCC
CGCGTCATTCGGCAGCGACAATTAGTTTACGAATAAATATTGCGCTTTTATCGATTTTAT
CTTATTGTTTGTTAGTCACAGAGGGTCGCACTTTGTCTGTTTATGTTTTGAAAGCGCTTC
GTGGAAATGTAAAAGGCGAGGCGAGCAAAATACGTGAGCTAGCCCTCCAATTTTCATCTT
GTGATAAGATTGGATGTGATCTAATCTTCGCTGGATAACGAAACTTGACGATTACTCACA
CTCAAGAAGATGTGGACATCGATTTCAATTTTAAGGCACAACCCACCGTATTGTGCACGG
TAGGCGGGCCACCCGCAGCAGCCACTTACCAAAGCACAAAGTGGGGTTCAACGCAACAAT
TTTTCGAAAATTTCGGTAATTTTTCCCTAAAAATAAACCCAATTTTGGTGCGATCAATTT
CGTCAGCTTTCGCATGCGAGCTTGTCCGATGCGGGGTTATTTTTAACAAAATCGTGTTGT
TTCAAAGCTGGCTTCTGCAATCCAGCAAACGCGATCCCACATAATGGCGAAAAGGATGAT
CCGCTTAAATTAGTTAGGGTCCGGTTACAAAACAAAGCCCGGGCTTGTCGAAAGACCTTA
AAGAAAGGTTCAAGACGAGGTCATGCAGCTTTTTAGGTACACTTGTAAACTTCGCTTGGA
AGATGTACTCACAACACCGCCATGCTAATTAAAATGGAATAGGAACGGTTCTTGTTGCCT
AATATGCTGGCTACACCTCCCGTATCAGAGGATAAGATCGCAAGCCAAGTCCACATGTAT
AAATATCGCCTGGGATGTAAATTTATACGTCGGCATATCAAAATAAACGAAGGATTGTAC
ACGATCACGACTGTTTTCTTGCTGCTACGATGGGACAGAGGGCAATGTCTCGTCAGGTGA
TGGTGTGACCACGATCACGTAACTACATTCCCGCAAAATAGATGGACGGAAACAGCGCTA
ATCTTTTGCTTGATGTTAGTTTGCTTTTGTGGTTGGATTCGTGGAAATGGCTGCCCTGCT
ATCAGAAATGTTTGGTTTGGCCATGTTTTGGTGCCAACTCGGACATGGGGAACGTTTTCC
GCCGCTCTGCCGGGGTCAGCTGGGCGAAACCGGGTGTACGTGCGTTATATTGGGACGTTG
AAAACTGTTGACTGTACACGCGGATTTTCCGCATAAAAGCGTCGGACACGAACGTTTCTA
AATGTCAGCTGAAATCGGGAAGCCATATTTGGGTGTGACAATAGCTTTGGGTTGGACGCT
TACGCGACAGTTAATCTTAAAGTTTAGTGACACCATTTAAAGCGACAATAATATAGAAAA
ATTAGCACTCGCATCGTTGGGTTGGGCGCTTCGGTAAGGTTTGCCCCGCACGCTATAACC
GCGGGCTCTACATACTGTATACTTGTCTTGGTAATATTGTTCCTAATTTGGGCGAGAATT
AATAAGAAACGGAGGAAGTTTAGGTGATGAATTTTTGCGGCTTGTTTTTCGCACGTTTGG
TCGGCGTGTCTTACAAAGGTGATATTCAGTAAGTATGCGGCGAAACTTATTACTAGGGAG
GCTGTGGCGCACGCTTATCCGTCTTCAAGACACCCGAATCCACATTACTAAGGTAAAATG
GCGACGTTGGTACAGAAGACAAAGGCGGCCTTGTCTGGGTGTGTTTTACGTACGAGCTGG
GGTGGTGGGTTGATACGGTGTTGCGAAACAAACAGAAGACGATGTCAAACGAGCATCAAT
TAAAATCGGGATACGGATCGAAGGGTGGAGATCTAACGCTTCCCGGAAATCGAAATGGAA
TTCGCGTCAACTGAACGTTAAAAATTAAACATAAACAACCAACGATCCATCAGTAAAACC
ATGTTAACAAAATTAGGTCAAACATTATGGCGAACTTGCCAAGTCGACCTCACTAATTCC
CTACGACCTATAGGGGATGAACTCGCTATAATGTTGCAGCTTAAATTATTTGACTGTAAG
CGCTGGCGCTCGTTATAGGCTCGGATGTTTGAGCTGTTATGCTTTCCTTGGTTTAACAAC
GCGATGCCGGAACCAAAGTTGCTCTTGCGATTTAAAGCGCTATTAATCACGGTCTTAGTC
GCTCATCCGCGCAGCATCTTCACGGTTAATCTTCCGTTCTTGTTTCTCGTGTTATAAAAC
AAACTTGGGTCACAACAAACAAGCATTTTCGAGAACTTAAGAGCACGATCGACCGCGCCA
TTCCACAGGCGGTTATCCCACAGGTGCGGAATCACCACCATAGGGGGTCAGGTTCGAAAC
GCCTTCCAGGAACTGCCGAGCGATGGAGCACGGGTGGCATCTTTGTTTTTGTGGAATAAT
AAACGGATCGGGGCCAATTAATCGCGACCACTGATCGTCGCGTAATTATTTTGAGGCAAC
ATATCGATCAGCGATCTCGGCAACGATAGCGAAATTCTCCCTCAGCTTTCTCGGAAGCGC
TCGCTGCTGGTTATCCGGAAAAGTGCGGAACTTCCCTCGCTCTCCAGCAGCAACGACTCG
GGAG