- Region 'REG00000631'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-PC2 -2786/81
Short name
n/a
Region ID
REG00000631
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Kusakabe team (2010-01-15)
Annotator
Delphine Dauga (2010-01-15)
Curator
Delphine Dauga (2010-02-26)
Conversion to aniseed format of DBTGR database entry from Kusakabe team.
Transcription start site is based on the start of the first exon of the JGI transcript model.
230,983233,850
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [230,983 / 233,850] on scaffold KhL128
Sequence from JGI V1.0.
Show sequence
Length: 2,868
TGCTGCTTTAAGAATTCTTCGTTTTTTCACCGTGTTTTTAATTAATTTAAATTACAATAA
AACAGCTTAACCGTTAACGTCCCTGTAAGATAATGAATTTATTTGTAAACGGAAATGTAT
AAAACTGCGCACCTAATACCCTTTTAACTTACGACAGTCGACCTAGGTTCTAACCGATGT
TCGTTCTAACCGTCGCTTCACCCTAAGAGTGATACACCAGGTTATACAAGCTCTTCTCTG
TGAGAATTTATAAATAACCATCGCATATCTTGGGCCGTCTTACGTACGCTGTACCTAATC
GATAAATAACCGCAGAAAAAAATCCATTTCCTCTCAGTATTTTCCAATGACGTCAATATT
ATGACGTAGAAATTCTATATCTAAGCTTCCGAGTAAACATAATTGATCCGTAAAGCTTCG
CCCTTTTTACTGCGGTTAACGATAAATACGCCCCTTTTATATCTAATAACTGATACAATT
CTACAACTGTAATACATTATGTCAGCTGGCGCAGTAACACTATTACAATATTTGCAGCCT
AAACCTTTTACATTTTTTTATCAGTTAAATAAAACGCCTTTCACGTGACACTTCTTGCGC
TGTTATACCCCTAACATATGCCACGTTCGTAATTATAAAGATATTCCAGATATACCGTTC
TATGTGCGACTGTAATACATTATAGTACCAGCTGTTACAGTATTTACTATCCAATACATA
CACGTGCGACATTGTCTTACAATCCAATTCCTATACCGTACCCTTTTATCGAACAATTTT
CGCTTACCGCTTTCCCAATTATAAACACATTGAGATATACCTTCTATAAGATATCCGATA
AAACTTTTCTTATTCTTTTCTGCCCTACCGCGTACGTTTCACAATATCAGTGTTGCTCCG
GTAAGCTTAATTACGTCCCTGCCCGCTTATGTATTATTCATACACAAAAACTAGCCATGC
GTGACGGCCTGTCGTTGCTGGTATTGTGACGTAAAATGACAATCAAAAAAGGATTAGAAT
ACGTTCGATAGGATAGGGAATTTAAAACACTATTGATTATCTGGCACAGATGTATAAGAT
GTTTGCACCGTGGCCTATCGAATGTGTTTAGAATACATTCATGTGTGTGATAATACACAA
ACAGAGATCTATCTTCGCTACATTTATAGTACTTTGTGGCAAGATGGAATACAGTTAGCA
CCCAAATCCCATATTTTTTAAATCGTGTATTTAACAATTACCAGCGCTCTTTAGAGCCAC
GATTATATGAATTCCATCTTACCTTAACCTACTATATTGGATTTATTTAACGCCAGTTAT
GACCCGACTGTTCTTAATCCATATCGACAGCTCCTTTAACTTCATAGTAGGCTATAGGTA
CGCATAAGACAGTGTATGTTTTTTTCTTTATCGCCACATATGGTAATAAGTCAAAAATAT
TTACACAAAAATAACCGCATTCTCAAGATTATGAAACAGCTTTGTTGATTTTTAAAAGCA
CGATTATGCAATATTACGTGATCATGGTATCCATCTTTCCTCACAGTACTATAGTTTTTA
CCTCTTAGCCAGTAACCCCTAGCCCTAATCCTTCACTTTCCTATTCTATCGACTTTTAAT
TACCTTTAGTAGGTTAAAACTATTGTAGGTGTATGTGTCATTGATCAAGACACAGATAGA
ACTTTGCTGAAAACCAGTGATACCTTAGGAGTAGTCAGCGTTATATCCTTGTACTGCCAG
GCGTTTTTTTGCAAAACGAGGAACAAGTCTATTTTAAAGATTTAATATCGTGGTGTTACT
TACGCGTGTATGACCTAATAATGAAATACTGAAATGCACGATTGTAAATCAAAATGCGTA
AACAAATAGCAGGTTAAAAAAACAGAATAATTTTAAGCGCAACCGTTAGCGCCGATTAGC
GGTAGTAATATATGCTTACAGTCGGTCAGAAGAGGGCGGTATAAAACGTTTGGTCATGTA
TATATCGACGTCGGTTCATTTATATCATATTTGGCTTAAGTTATTGCATAAAAGTTGTTA
TTTTGGCCAAACTAAACTATTGTAAAAAAGATTGTTGGTATTGAACACACTGAAAACAAA
AAGGAAATTATAAACAAAAGTATAGGAAAGATAATATTATTGCAAAATTGACGTATTCAG
GCGTGTTAGTAAATGCATTTATGAAAAAAATGATAATGCTAAAGGGCATAACAAAACATA
CAGAATCGGGCATAAGGCTTAACAACAATATTTTTTATGGTGCTTCTCAACGATTTAGCT
GTAACCAAAAAATAAAACATAAATTAACAGCAAAATGACAACCCAAATTCTAAATCTACA
TTTCTCACAACTTTTTTTAAGCATTCAACAAAAAAGTTTAACTTTTACAAACACAGTCAA
ATGCCTTATGAACTACCATAGTCACTAAACTGTGACCCCTTTTTTGGGTCACAAACCAAA
GGTTGAGAAGCACTTAATTAGAGAATTTTGTTTCAGGTGTTATATTGTTGTAAAATAAGA
ATCCGAATTTTATTCATTACTATAAAATAAATTGAGGTCTTTGAAAACAACATTCCATGG
GTTAGTTAAAGGTTTAACAACCAATCTTATTTGCTACTGCATAACTAAGAAAAAATAAAG
TAACACAACAGTAACCTAAACCTTAAATTACATAATTTCATTTGATTTAAACGAGAAATA
TTCTAAGACTACACCGCCAATAATACAATTGCCTACAACGCAATAACAACCCACTGTAGC
AGCTATAATGTCAATATAATGGGATCCTTACAATATAATGGAGTCATCACTTTTAGATAG
GTTACCATTAACCGACATTTGTGTTTCAAGAAACCCTTTGACTGCTGT
