- Region 'REG00000574'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-proGnRH2 -4320/1
Short name
n/a
Region ID
REG00000574
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Kusakabe team (2009-12-12)
Annotator
Delphine Dauga (2010-01-15)
Curator
Delphine Dauga (2010-02-26)
Conversion to aniseed format of DBTGR database entry from Kusakabe team.
Transcription start site is based on the start of the first exon of the JGI transcript model.
Note that there is a problem when we blasted the original sequence against the JGI V1.0 whole genome assembly (you cannot visualize this sequence on the genome browser).
473,837478,156
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [473,837 / 478,156] on scaffold KhC9
BASE COUNT 1300a 772c 828g 1420t others <br />
Show sequence
Length: 4,320
AGGAGCAGACGTCATAAGTAGATTATGACGTAACAAACAAATTGTGATAAGGCAAACGCC
TTCAAGTCTAAGATTGCACAACAACAGGATATTTTATCATTTTTAATTCGGTTTCTGAGC
CATGAACGCCTGGTGCATGTGTTACATTCCTTGTCTAACAGAGACACTGTGTTTTCTTTA
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TTTCTCCAAACCTATATAACATACAAGCAAGCACGAAGCGTATGAAACCCAATACCTGTG
TTAGAACAGTCGTTTATCCACCACGAGGGAATAAATAAATTAAAATCAATCAAGAATACC
GGTGCATACGTATTGGGCGATGTTTATAGAGTAGGGTAGGGAAAGATGGGACACCTTTTA
CCTCTATTTTCTCGTCCCATTTGATAGTAAACAAATAACATTCAAAGAATTATAAAACCG
TATCCTCACTACTCCCATAGACTGGTGTTAAGTGTTTTAAACACGCTCAGGATATTTGGA
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