- Region 'REG00000573'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-proGnRH1 -4687/1
Short name
n/a
Region ID
REG00000573
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Kusakabe team (2009-12-12)
Annotator
Delphine Dauga (2010-01-15)
Curator
Delphine Dauga (2010-02-26)
Conversion to aniseed format of DBTGR database entry from Kusakabe team.
Transcription start site is based on the start of the first exon of the JGI transcript model.
Note that there is a problem when we blasted the original sequence against the JGI V1.0 whole genome assembly (you cannot visualize this sequence on the genome browser).
7,70612,392
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [7,706 / 12,392] on scaffold KhS1051
BASE COUNT 1560a 739c 797g 1591t others <br />
Show sequence
Length: 4,687
TGCTGTAACACACGCATGTTGTACATTGAAAAATTCGATGAACAAATACAGCATTTTGAA
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