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CIS-REGULATION

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  1. Region 'REG00000563'

Cis-regulatory Region

Name

Ci-R1CiGC26c12 -3371/-502

Short name

n/a

Region ID

REG00000563

Status

Curated

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

regulatory_region
(complex_region)

Author

Kusakabe team (2009-12-12)

Annotator

Delphine Dauga (2010-01-11)

Curator

Delphine Dauga (2010-03-15)


Description

Conversion to aniseed format of DBTGR database entry from Kusakabe team.


Transcription start site is based on the start of the first exon of the JGI transcript model.

Regulated gene(s)

KH2012:KH.C2.14 (KH.C2.14)

Overview of functional TF binding sites in this region

2,529,3822,533,255

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [2,529,382 / 2,533,255] on scaffold KhC2

Sequence from JGI V1.0

Show sequence

Length: 3,874

GCGGCATACTCTCCTCATTTAGACTTTCTTGGCCTGAAAAATTATTAAATGAAAAACTTG
CTTTATTATCGCGTGGCCGGAAATGACAGTAGTTATGATACACCCTATGCCAGCATACGA
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