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CIS-REGULATION

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  1. Region 'REG00000557'

Cis-regulatory Region

Name

Creatine kinase -3191/200

Short name

n/a

Region ID

REG00000557

Status

Curated

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

regulatory_region
(extended_promoter)

Author

Kusakabe team (2009-12-12)

Annotator

Delphine Dauga (2010-01-11)

Curator

Delphine Dauga (2010-02-28)


Description

Conversion to aniseed format of DBTGR database entry from Kusakabe team.

Transcription start site is based on the start of the first exon of the JGI transcript model.

Overview of functional TF binding sites in this region

266,470269,861

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [266,470 / 269,861] on scaffold KhC3

Sequence from JGI V1.0

Show sequence

Length: 3,392

TAGTGCTTAGACCATATCGAGAGGGTTAAATTTAGTTACTGCTCTCATCAAATGCCTTGA
CTTGGATCAGAATTATTTTTATCACTTTTTACTGAATTAATTTTCAGAGTTTTATGTCAT
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CCCTTCCCTATTTGGTCATTTCGAATCTTAATTAGTTCCTGACACCTCTTATTCTGTGGT
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ATAAGGCTTTATGCATTTACCCGATGCTTGTCGAGGTCTGTTTCTAGCAAGCGTTGACAG
GCCTGTCGTTCATTCAGCAAGGTCGTTCTTGCCGACATGCGGTCGGGTATATAAGCCACA
CTCCAACACTGGTTCTCTACCAGTCGATCGACTACCTTCCAGCAGCAAGAGCATCTCTAG
CAGCACGCTTCTTCATCGCATAGCTAGCAAGC