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CIS-REGULATION

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  1. Region 'REG00000521'

Cis-regulatory Region

Name

Ci-R1CiGC27a04 -4580/30

Short name

n/a

Region ID

REG00000521

Status

Curated

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

regulatory_region
(extended_promoter)

Author

Kusakabe team (2009-12-11)

Annotator

Delphine Dauga (2010-01-11)

Curator

Delphine Dauga (2010-02-26)


Description

Conversion to aniseed format of DBTGR database entry from Kusakabe team.

Transcription start site is based on the start of the first exon of the JGI transcript model.

Regulated gene(s)

KH2012:KH.C4.513 (KH.C4.513)

Construct(s) made to test this region

CONS00000493: pCi-R1CiGC27a04 -4580/30::EGFP

Overview of functional TF binding sites in this region

4,874,7584,879,368

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [4,874,758 / 4,879,368] on scaffold KhC4

Sequence from JGI V1.0

Show sequence

Length: 4,611

GCTGCAAGGGACAACACGAAAACTAACGAAGCAAACATGGTTGATTCGCCTGCAGATATA
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