- Region 'REG00000490'
Cis-regulatory Region
Name
Alpha-tubulin isoform 1 -5332/343
Short name
n/a
Region ID
REG00000490
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Kusakabe team (2009-12-09)
Annotator
Delphine Dauga (2010-01-11)
Curator
Delphine Dauga (2010-02-24)
Conversion to aniseed format of DBTGR database entry from Kusakabe team.
Transcription start site is based on the start of the first exon of the KH transcript model.
4,976,9214,982,586
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [4,976,921 / 4,982,586] on scaffold KhC8
Sequence from JGI V1.0
Show sequence
Length: 5,666
CGTCTGGTTGAATGCCATGCTCGAGGCAGTACAACTCCCAGCAAGCGTTACCGATCTGAA
CTCCGGCTTGGCCGACGTGGATGGAGATACATTCGCGCTAAAACAGAAAGATAATACTGT
ATTTAAATCTAGAGAACCAAACACTACCGAAATATAGGACGTGGATAGAGATACATTAGC
GCTACAACTAAAAAAATAAATACTGTATCCAAACTTACAGAAAACTAAACACTATCAAAA
TATAAATGTCTCAACTTACCATATTGACGTGTAGTAAAAAGAATAGACTTCAACAGAATA
TAAATATAGCTTCGTTACGCAGCTGTAGTTGATCTTGGTGAATGTAGGCGTGTTCGTTCA
GCAGCGGCTTATATACCCGCCATTACGTCACAGCTTGGGCGCGCGCTATTGGTTGCTGTT
CCGCAATTCAATTAAGAGAAACTAGCAATTCACTCGGGAAATCGCGAAGAAAAAATCTCC
GCTGCTCCGACGCGCAGTATTCTCTTTAATTCTCTTGAGACTAAAACAACGGACCATTCG
TCGGCCAACTGTTCACTGATTGCGATTGCATCTGCCCCTCATCGTTTCACGGTGATTTAG
ATTTGATACTCCCATTTATTCGAACCGTGATACACTACATGCTTCATTACCCACGATTAA
TAGAGTAGTCATGCGTATAAATCACACCCATATTATGTTTCCTTACTTGATCTTGCCATT
CGCAACAAAGAATCTGCTTTGTTGTGGGTTTACGCAACTGTGAAGAGATATAGTTGAATG
GGAAAGATGGGACACCTTTTAATTTTATTTTTGCTTCCTATTTGGTAGTCAACAAAAAAA
CATTTAAAGAATTATAAAACCGGATCCTCGCGACCCATAGGCCGTTGTTAGTTGTTTAAA
CCACGATCAGAATATTTGGATATTATGTGCTAAAGGAACACGCGTGAATTCGGAATGTGA
TGGTTGTCACTGTATTCAAAGACAAAACTAAAGTTTTATCTCGTATTACGTGTGCCCCAA
TGACAATTCGATTAGTAGCCTGCTTTCTTTTTACTTCACCGTGCACAAAATTTTCACAAG
TAGCTTTGAGGGGCTTGCTATAAATATTTCAAAAGATAAACGTCCCAGCAAGACAGCGAA
ACGTGACTTGAAGTTCGTAAATAATGCAAACGACTCGAAAATGAATATCGACCGCGCCGC
GCTTTGTACCCTTGGGACTTACACACCACCTGCTTGAACTGGCAAAGTCAGATGAATGAC
GTCATCAACTCGTGCCATGAGTCATCTAACACGTGGTGATCACGTGATTTTTACGACGAT
GTAGCCTATATGTTGAGTAAGGTTATAAGTTGGTGTGGGAGACCTATAGGACGTAGGAGT
TGTTCCATTGCCAAATCTGACAATTTATATAGTTTTTATTCACATCGAAAAAAAATTAAA
ACCATAATTTTTGTGGGCACATGTGTAAAAAAGTTGAATTATAGTATTATACAACTTTGA
TATCCAAATACCTATTTTTGTATATATAACCGTTAAAACAGCATTTATTCCCCTGTGGCA
TGAAAACTGCGACAAGTTCGTTTTCCTAAATTGCGGTTTAAACAGGATAGCATCATATAA
ACAAACGGCGCTGTTAAATGTACGGTAGGGTGGGAGAAGTTTAGACACGGGAAAAGTTGA
GACACTTTTTTAAATCTGCTGTCACGAGACCACTTTTGATGATAGATGTAAATTTATGTT
ACAGTTTTATCTCACGGACCAACATTATATCACGGGTGTTGTTTCACACACCTCGTGCCC
ACCTCCGAGTTATTACTTTTATTTTTTGGAATTTTCTTTAATGCGTGGCTAACAAAATGA
GAGACTTTTATCAATTGCATCAATTTTCGTGAAATATCTTGCTCAACGACACATACGCGC
ACAATGGTAGCTGACTCGAGCGTGGCATCTGAAACTTCGGGGGTAGAAGCAGACGCGGGT
TGTATAAACGACTGTCAATTGAGATTTAAACAGTTACGGCCCTATTTCATGTATAGTAGG
GTGGGAGAAGACGATACACCTTTAGCACATAATATTCAAGTATCCTGATCTTGTTTTAAA
CAATTAACAACGGTCTATCAAAGTCATGAAGATACGGTTTTATAACTCTTTGAATGTTCT
TTGTTTATTACCAAATAGAAGTATAAACAAGTGTCTCATCTTCCCCGCCCTACTATATGT
ATTGTACAAAAGAGCAAGTGTGTAACAAATTGTAATAGACCTAGTACCCTAAAACTATCA
CTACTCTGTGAAGACACCTCATAAGAGTCCCCTATGATTGAGAAACGAAACCGATAAAAC
GGTGGAGTTATAACAGGGGAATCCCGAGCACCGGAAGTTATTAAAAAGAATGGAGCTTGG
GAAAAAAGAACAATCTATACATAATCAAACACAATCATAATGTAACACATTCACAGTTCC
TATGTACAGAGCGGATTATACGCGAAACGAACACAACGTACATAATTACTAGGTTAATTT
CTCGGGTATAAGTTTAACTGTTTCCTTTTTGCATTATGCGTCAGTAAAGGTGTTAAGGAA
AATAAACGCAACGAATTTAAGAATGGAATTTCAAAGAATCTGGAGTAAGAAATCATAGTA
CGGACTACTTACTCCATAACGATAAGTAGTAACAGTACAGCAGAACAAGATACACTATAC
ATTATGTACAGTGGTTAGAAATAGCATGCCAATGAAACAAGTAGGTTAGACTCTTTAAAA
GTACAGCACAGTCGAATGGAATGAAATAAATTGTTTAAACAAGCCATTTGTAAGACTCTT
AACTATTAGTTTTACATTGAATGCAAAATAATATAGTCAATTGTACTAAATAGACAGTGA
GTGTAACATGATGAAATCAGTTGTCTTTTAAAATGGATACTTTAGCTTCTAAATTCAAAA
ACTTTGGTAAGAATGGAACAGAAGATGAAAGTAGACCAATACTCGCTGATGATCCTGAAA
AGGTAACGGTTATGTTAATTATAATGATTGAAAATATATGGAGTGTTAGTTAAATTAAAA
CAAATATGAGCTTGAACACCTACATATATATAATCAAAAAAATAATAGAGTCAGGTTTTT
TAGTTAATATGCTAAGGAAACAATATGTGTAAATTGAGGTAAAATTCTATTTATGATCTA
AATCGCAAGTCCAATAGCATGTCACACTACAAGACTTATATTAAATACAACTTTAAAACA
AAACTCATATGTTTTATAAAGGGAGAGATAGAGATTGCGCAATCTTCCTCTTCCGTATCA
CCAAGTGAGGATGTATTTACTGATGAGAAAGATCAAATAAAGGAATGCTATTTTCGTGAT
GGGATCAGAAAAATTGGTAAGAAAAATGTGACAAAGGAATGATGAAAAATCATCTTTTTT
ATAAAAGAAAATGTTAAAATAATAATAAAAATAATAATTTTAATATTTTAGACAGGATAT
AGTGACAAAGCAACAGTCGTTAAAACTTGCTTACAGTTAAAATAACATTTACATTTAATT
GGAAAAAAAGCTTGGTCGCACCTAACAGACCAATAAGCCATTTATGTTTTAATATTATTA
AGTTAAACTTCTAATAGAAACAAAAATGTTTTATTTGTGATCCAGATTTTGTCTTGGTTT
ATGAGGATGAACATTGTGAAAAAACGGAAGAGTTGTCGAGCAAAGAGAAAGCAAAGAGAA
GAAACAAGAGAAATCAAGTGGAGCAGCAGGAGAAGTGGAGGAATAAGTTTATTAGATGTT
TAAAACAAACTGGTGTAACTATTGAAGAAGTAAGTTTTTTTGTAACAGACCGCTATTTAG
AAACTGTTTTATGGTTTTATAGTACATTTTTTGGTTAATATTTTCACAGTAAATAACACT
GTACAGTTTATGTATATTTTCTTGAATTTTCTGTGTTTTTTTTCTGTGAATAATTGTTTG
AACAAGCATTTATGAGTAATGTTACTTTACACAGGACAGCAGCGTCAGCGAAGAGAAAAC
AATCCACTATTTTAAACTCAACTGTCCATGGCATCTATTGACTTATTATGCAGAGGAACT
TAATATTAGAGCTCCATTGCAGGTCAGTTTAGTTCTTGTTTGAGCTTTCTTGTACCTGCC
TTTAATCTACAAAGGGTTCGTTTATATAGTCCTGAATATACTATAAAGGCCAGCACCAAG
GATACAAACAAGAACATTTTAGTTTTTTTTCTGGGAACTTTGGAATGGGAATTTCTGAGC
ATGTAAATTTAGCTGTAGGAAATTCAAATACAGAGTTTCAATAAAAGATGTTGTTATGGT
GTTTTAATGTAACATCTATTATTGATGTATAATTTGATGCACTTTGAGTAAAGTTATATT
AATAATATAATAACTTTTATTTGTCTTTTCAATTACGGTATCAAAGGTTTAAAAATATTT
TGAATGAAACATTAGGATATAGCGAGAAAACAACAGTTGTTAAAACACGCTTACAGTTAA
AAACATATTTACATTTATTTAAAGTTACATTGTATCAGTAGTGCATCACATACATTTTGC
AGTTGCGTGAATACAAAAGTCATCAGTGGTCAAGCATCATTTTAAAAAAGTTTCATCTCC
CAAATGGTATGGTTCTTGATGTACCTAAGAGACCAAAGCTATATTTCACATGTACATTTC
GAAAATCCAAGATTTCAAAGTAAGAATGCTAACATTAGATCAAGTGTTGTGACAATAATG
TTTGCAAGAAGACTATTAAAAAGTAGTTCTGTTGTAAAATTATTCCAATTTTTAAACTTT
GATTAAGCGTTTATATATTTCATGCCAATTCTTCAACTGTTTGATTAATGGCAGTGTTTT
CATTTTAATACTTACTGTTTATTTTTGGCTGTTTTTAGCTAATAGTTTCCAAATTCTCAC
TGCGTTAATCTTATAGTAAACATACACGTAAGACCGTTAAGTGTTTGTATAAGTTTCCTT
TACTTACTGCAGTGCCTTATTAACACCATATGGTGCATGGAAACAGAGTATTCGCCCAAC
TTAACCATTTGTTTCGAGCTAAACATCTCTTTCTACTTTGTTTATTTTCAGTTTTCTTGG
AAATGACAATCATGATACTTACTTCTCTGCTACAGAAAGAGGGAGAATTATGTGGGAGAT
CTTACAAACTACTTTGTTTGGGAAAAAGAAACGAGCAGAGATTGGTACAACATTAAATAT
TAAACTGTTTTAAGTTTACTTATACCTATAAACGCAAGCAGAAAATTTATGTAACATTTT
TAAACTGCCAACCATGATGGTGGCAGGAAAACCAGCATACCATTTACATCAAGTATAAAT
AAATGAAACATTGAATTTACTAAAAATTGGTCGATTGTTCTCAGTTCATATCCCAAATGG
AAGTTTTTCTTGTCCCATAGTTGCACTAGTATCTAGTTTTCAGGGCATGTGGTTGAGCTT
TTTCTACTTAGTTCATCCAAGGTTGGTTTGCCGCACTAGACTAAATAATTTACATTCATT
CATATAATTAAGCTCACAACATAAAATATTTGATCTGCAGTGCTTTTCAACTGCCACTAG
TAAAACAAAAGATGGCAGTTTCAATTATATTGCTTTATTTAATTTCAAAAACCTTAGGCA
TTGAGAGACTGCTGTGTGATGGTGTA
