The Genome Browser is currently unreachable. Sorry for the inconvenience. Please try again soon.
Login
Help

Submit your Data

  1. Region 'REG00000404'

Cis-regulatory Region

Name

Ci-Pax6 -2500/7000

Short name

n/a

Region ID

REG00000404

Status

In Process of Manual Curation

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

no_output

Author

Steven Q. Irvine (2008-06-15)

Annotator

Émilie Carmona (2008-06-17)

Curator

Delphine Dauga (2010-02-26)


Description

Construct(s) made to test this region
n/a
Overview of functional TF binding sites in this region

5,699,9285,709,427

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [5,699,928 / 5,709,427] on scaffold KhC9

Sequence from JGI Version 1 thanks to coordinates in the paper.

Show sequence

Length: 9,500

TACACATATACATCTGGATTGCTAAGCTGGTATATAGGAATGAATTGGCAGAACTTGAAT
AGGAAAAGGTTTTGTATACAACATGTAGTCTAGTGCCGTGTAGGTATGGGTAAAATAGAC
CATGTTTTTATTCCATTTTATCATCCTATTTAGCAGCAAACAAAGAATATTTATAGAAAT
ATACAAATATGTCCAGTAAAAGTGTGTTGTTGATTGTTAAAAATAATGAAAAAAAATCTA
TCTTCCCCCACTATATATATGCATCGGGTTTTAATTTCATACTAAAATATTTATTCATTA
TAACTGTATATATAGGTTATGTGACTCGTAACTCAGGCTAACAGTATATATTGAAATATA
TTCTATTTTATCTTATGTATAAGATATACGAGAAGATGAGAAAACTGTCATATGATTGAT
TTGTATTTGATTTTTGATTCCGGATTACTTTCTAATTCCATCATGAGCCACGTTTTGTGC
AGTGGAGGGTAAACGTCAAAATATAACACGCGTTGACAGCTTTAATACACATACGGGTTG
TAGCGTTAGCGGGCGACATTTGTGACGTAGGGGATTCAATTTTCGGAGGGCGGGTGGGGA
TTAAAGCAGCAAAAACTAAAAATCGTGTTAAGGCGACGTGACCCGTGTCGGCCTACACAT
GATTAAAGTCTCGGCGCAATCAGAATGTTGTCATATCGCAGATGATGTCGACATCTTGGC
ATCAAGGCTTTGATTATTATTTTTTGTAAATAATTAGCCCGCGCGTCGATGCAACTTATG
GGTGAAATATTTGACATGGGAACCAATACTTTTGCGGCGGTATGGATATTTGTGCTGTTG
TCTTTTTGACAGGGGTTAACGCTCGCTCAATTGAGTTAATGCATTCCAATCCAAAGTGAC
TAACTCTTGAAGCGAAACTGAAAACGGATTCACGCCGATTTACGGATCCGCATATGAAGG
ATAAAACACTCTATATGCGTCATTATTTCTCACGGAGCAGAAATCTACTATGATTCAGAC
CTAAAGTATATCCCAAGGAAAGCATTTCTGTTTATATCTGTTTAATCGCGGGTTAAAAGC
GAGCTTAGCACGTTTTTAACTGCTGGTCGAAGCCAGGTATTGGAATCTGAGAGCGTGTGT
AATCTAGCAGAAACTTTAGGACCGAATCGGCTGGCGGAAAGATAAACAATACGAATGCGG
TCGCGAATGGTGAAAACACACCTGCGGAGTTGAGACCTGGAAATCTGTTCTGTATGTTAC
TAAAAAATAACTCGATTTTTGGCATTGCTTCACACGCCTATTGCTGGGGGTGCGGGTAAA
AAGGAAAGAGATATATACGCGGCTGCTTTATGCTGCTGTGTTGGACAACGTCGGCAGCCA
GTTTACCCTAATCCACATGTTCAAATTAATTTCCTTCCAGCTGAGTGGCGAAGTAGCTTA
CATGGTAGCGGGGTAGGGACGTGCACTGCCCGTTGTGAGAAACTATTCTGAGATGGATTA
TCCCGAATCGGTCGTAGACGATAATCGTTTTTCGGGCGAATTGTAAGCAACTGATTTCTT
TGCAAAAAATGTGAATAAAATATCAGTTCATTTGACCCTGCGTTCGGCTTAGGTTAAACG
TCTTCGTATACTTTGTTTTACAGGCGAAGAATCGTGGCTGAGTTCTGACAGTATATACAA
TGGTAGATTGAAGGACATTGTCCGCGAATACTTCGTCATGGTGCGTGGATTGTTGTCGAA
CAGTCGAGGCCCAGCGGGTTTGTCGGCGCTAAGACCCCATTCATTCCGATGTGAAATGGA
GCGAATGAGGAGAGAAGCAAAAGCTTAAAAATCAATGAGGATAAATCCTCCTCTCGGAGG
CTGTAAGTCGCGGAAGAGAAATACGTTGCGAGAAACTTTCTGCCTCGTCTTTTCCACCTT
CTCTGATTTTTACTGACGATTTTCGTTGATCAACTTGACTTAAAACTTTAGCAAAGATAT
AACTCGAATAAAACATGACCCCAAAACTCTAACGTAGGTATATGCTATGCTCGGCTAACC
CCTGCTGGGGTGGCAGCTATCGCCGTACAAACGTGAGAATGTGCGCTTATTCAGGCTTGA
AATAGAGTTATGTTGCAAGCTACGGAATGTCAACAGAATTCGCTAACAAACTACTTAGCT
CTGGCCGTGTCACGGATGTCTTTCATTCTCTCCAAAATCGATCGCTCATAATCGAGTAGG
CCGGGTTTTAAGCGAAACTTCGGCGGGGTTTTTGGTCGTCGAGAGCCCGCCGACGGATCG
ATGACACGCCGGTATCGATCGCGGTGCAACTTGATTCATAATAACTCGGTTTATCTTGGA
ATTAGCTGCAGCGTCAGATAGGAAATGCGGGGCTGGGCTGGCCGGTTGCGGTCGACGGAT
CTTTACGTGACGCGACGGGGCGAGAGATCCAAAGAGCTTTTATTATTTATTTTCGAACGC
GGCTCGGGAATCGTCTTGAAATCCCGTCCAATTAATCATTAATACGGCTGTCAGTGGTCG
GGAAATAGTTTTTATTTTTTCAACTAATGGAAACCAGAGACCCGTTGATGGTTTAAGCTC
AACGTAATTATTTTAGAGAGGCAAACAGAGGTGACAAAGCAAGACAACTTTAAGAAAATC
CCAAACCACCAAAATCGACGGGCAGCAGTACTTTGCGCTTTTAATGCCGCGTGTCGCCCA
CAGCGCGGGGCAAAGGACAAATTTCTAGTTAAGATTGAAATCAGTACACTTGCCTCCTTG
GCACCGTGGTCGTCGATAATCATTTTAAAAACTCGATAATTCAAAGCGTTGACACGCGGC
GGCTTGCATGTCGACGCGATGATCACACAGAGATAAAGCTAATCCTACGCACAACTGTTT
GGCCCACAAAACTAAAATACTGGTGAAAAATATGGGAAAACCAAAGTAACGAGCAATCTT
GATGAAAAGGTTTTTGCGTAAGTTAAAAAGTAATTAAACCTGCACACACAATCGTGAAAG
CATATTTTTTTACACAGACTTTATAAATTCCAATGCAAACATGACACCCCATGTGTGATA
TAATTTTCATTTTAAACATTTCCGTTTAAAATTAAAACCACCATGTTTGTATTAAAACTG
ATAGAAAACCCGTGTTTTATGCACCCTTATATAAATTCGTTTATAAATACCGCGATTCAC
AAAAGTGACTTTAAATAAATGGACACCATATATATACGTCATTTGTAAGCTAAACAGGGG
TCTTACCTTTCAGTCCCATAAGACCTTCGGCCGCAATTTGTTCCTGGCACATAGTTTGCT
GGGGCAACCAACCGTTACAAGTTAATGACCACTCTAACCCCAACTGCGAACCCGATTTTG
GATCTCGACCAGTCGTCTCAATGAAACCTCCGGTTTGGTGGTCACCGTTTAAGTTTCGAA
GAACGCGGTTTATGGAAGACACCTATATTTAAATGTCTAGGTAACTTTTGATGCCATTGA
TTTTTCTAACACAATTTTTTACTGATGTTTCTGTTTTGAAATATGCTATAGTTCATTAAG
TTGAATTGATATTTTACAGATACAAAAAACATTTTATTTTTATGTTATATTTATTTGTTC
GGTATTAAAATACATTAATCATACATTCCGTTTTATAAAGTGTTTCTCAAAGCCAGCCAA
TCCAATCTACACGTCCAAGGCATATAGCTCTACATTATAATTATATTCATACGAAGTTTA
AACACTTACACTCGGGATATTATCGTTGTTGCAAATTCCTTCGTTTAACAAACGATCCCT
GATCTCCCATGCAAATATACTGGGACACTCCCGCTTGTAGGAAGCGATTTTGTTGACGAC
TTCCGGGGTTGCGACTCGAGGCTTGCTCCCCCCGATTGCCCGTGGACGGATTGTCCCAGT
TTCGTAATATCTGTGACCGAGAGAAAAAATTATGTTTAAAACTTTTTTTTTTAATTTGTC
GATTTCAATAGAAAAATAACAGCACATATGAAAGATATTTAACTTTTGACATCACTAAAT
ATTTTTTGTAATTAAATCGAAACGTTTGAGATGAAAATCGTATCAAACATATATTCATTG
TCGTCTCTACCACAGTTTTCAAGTTGCTTTAATGGCAGAAATGTGAAACATATTTTTTAA
CATTACACACTTATAACAATCATTAAATAAGTTATAAACCATAAAAATATACAAAAGCTC
ACCTTGCTAAAATTTTACTGACACATCCGTTCGATACTTGCAGGATCCGCGAGATGTCGC
AAGGGCGCGCACCGTTATGTGCAAATTCGACGATTTTTTGACGAATACTGTCAGGAAGGG
GTCGGCCGTTGACGAACATTCCGCCTAATTGATTCATTCCGCTATGACCTAAACGCGAAA
CAAAAATGTTTTTTAAATCAGAATAAGTGGTAACGTGTTTTAAATAGGTGTGTACATAGT
ATTAGCCCGTGAATATTAGAATTAAAACTGAATCATTTAAATAATCGAGGTAAACTAGTT
AACCTAATGTTTCAATAAAGTTTATGTGTATATATAGTAGATACACCAACGTAACAAAAC
TTTGCTTTTATATATTAGGTTATACAATATTTCTCATATCATTTAAGGTTACAAAGCGCA
TTGATTTTCGCACAGAACTTAACCGTAAACAATAAACATACGCGTCGCAAGGAAATATAG
ATTAGGAGTCTTACAGCGTGTTTGGCATATTCCCTTCCCTTACCTAAGACGTTGAATTGC
GCGTCGTTTATTCCCAATAGCCCGCTCGCGCTTGCTTTTAAAGTACAGACATACAGTAAC
AAAAGGGGGATTAGTGATGTTTTAGTGTGTTACTCTAAAGGAAAATGTCACGGTTTGACC
TGGCTTGTCCAAATTCGTACCAGGTTTTATGAAATATACATAAGAGTTAGTATAACGATA
TAAGGGGTAAAATAGGACACTGTGAGCTCATAATATCCCATATTTCCTAATCGCGTTTTC
AACAAAAAACAACGCTCTTATAGTTGGGAGAATACCTTTATATAACTATTTTATTCTTTA
TTGGCTACCAAATATGAAGATAATTAAACATGTTCCATGTTACCCCAACCTACTATACAT
AAACGTACTAAAACTGTCTTTATGTTTAAAAAGCGAATTTGTAAATTCGCGCGAAAATTT
AAACATCGGAGCCGTAAATCATGTGCGCGCGGTCGAGCGTAGGCTGATGCGTTTAATTGT
TTTATTCTATGACGTCACAATACGAACCGAGAACGAGGCGGGGTGCGCGTATTTTTGAAT
TGGTTAACCCTCAGTTCGATTGTTTTAGGAGTCGTCGCATTTCTTTCCAATCCATTAACG
CTATTGTGATAAATCGTGGGTGACCGTTCGCTTTTTAAGACAAATTGCGGTTCGTGAGCG
ATTGTGTCGTAATAGGTCACACATAAATTTCATCTTACACAAGCAGTGCTATAATGCGTC
ATAGCGCAGATCGTAAAAATTAGCTACGTTCGTTGAAATGTCGTATAAACTTACACGACT
ACAAGCGGTACATAAACACTTTATGACATAATATCTACGACAAACTTTAAAAAATAATGA
AGAAACGTATAGTAAATATATTCACGCCATATCTACGTATTTAGCCATTTCGCGCACTTA
AAAATAGTTGTTTGGCCACTTCACAATTTGTTATATGGCCAGTTTATTATCTGATCTGGA
TCAATTATAACAAGCGCATCTTCCATCTGGATCCTGATGAACTGATACAACGCGAGCGGC
GACATACAGTCTGGACATTCACTCGTTCCCAATCAAACGCAATCCGATTTCAATCTGGAA
AACGGCAAACACGACTCATCGGTCGGCATTTAATGAATTCTGCGCTCACTGTATTTTAGT
GATTTAATATCGCCGTTTTCCAAGGACGCAGGATTAGCCCATCGTGTTAAACTAGGCGGA
ATGACCCACTCGATCGCTGGATGACGATTCGAGTATTTGGACAATTATTAGGATACTTAT
CAGGCAGATTATTGAATTGATACAGTTTTCGAGAAGGGGATTTATATCTCGTTTGCAATA
TATGCATACAATGCTATATATAAGTTTTATGCGCACATATTTTCGGGTGATTTTTTGAAA
AAAATATAGTATTCAAGGAATTATAAATGTACATCTCCGCTTACGACTCCTATAGACCGT
TGTTAATTGTTTAAAACACGTTCAGGATATTTCAATATTATGTGCTAAATGTGTCCCGTC
TTCCCCCAGCCCATTATACAATAGGCGAGGGGTATGGTAGGGCCATAGCAATTTGTAAAC
TACCTTTTTTTCTCACACCCAAGTTTGTTTTATACAAGCCCAATTTAAAACGTAATAAAT
GGCGTTCGATTCGGCCACTGATGGGTAATCAAGGTCGGTTGAAAAATCAGTGTTAACCAT
ATAATGGAACGCGGCCTTTTCGTTCCTTCCAGCACTAATGCGCTTTTGTGGAAAGCAGGA
GCTCGAATTATCCACAAAGGAGACAACGCATTAATCGAGTCCCGCAGTTTAACGGTAACG
TGGGAATTTCAAATCATGGAAGCTTTCTCTGTGGTGGACACATGGAACTTTCGTTTAGCG
AACCGCAAATCGCTTGTTAATCAACCTCACCGATATTTATATTATGTTGCTGAATGCTGT
GCACGTAGAACATGCGAATCATGCTTGCACAATATAATTCGTATTTGTATACTAATATAG
TACTGTGGGGTAAGCTGGAGACCGTAAGCAAATAAATCATAAATTTCATTTCCTGATTCA
AACAATTAACAACGCTATTAGAGTTATGGCTACGGTTAAATAACTGAAAATATTCTTTGT
TTACAACCAAATGGGACGTAAAAAGTGAATGAAAACATGTCCCATCCTACCCCACTCTAC
TATAGTTGTATAATATAAACGTACCTTTATGTGGAAGACTTTCCCTATTAAAACACAACG
CCATGCTGCTGGCTTGCCTACAAGAATCGTACGTCGCCATTTAAAATATTTCGCCGAAAA
TGTCCAGAGACAGAAAATGTAAATTTTCCTAAATCAGAAAAGTCCTTTATATATAACAGT
ATATGTCTGTCATTAAAATAATGTCAGTAAGGTTTAAAATTATAAGGTAAACAATTCATA
AAGGCATGCAAAAATTACAAAGAATATGTCTTGGTGGTAATTAATATGTTTTTTTGTATA
TTTTTTTAAAGTAGAACGGGGGAAGACGGTACACCTTTACCACATAATATCTAAACTTTC
TAGTTGTGTTTTTAAACAATTAACAACGGTGCATGGGAGTCGTAAAATACGGTTTCATAT
TTCTTTGAATGTTCTTTGTTTACTACCAAATTGGACGAGAAAACAGATTGAAAAGGTGTC
CTATCTCCCCCCACCCTACTATATCATTTTATTTATCGTCTGCTTGTTTTAACATATTAT
CCTGTTTAATTCGACCAAGGTTTATATTTCAAACATTAACCATCTCGGTTTTCGGTACAT
AACAAAAACAAGCGACGACAAAATAAAATTTCGAAGATATCGCGGTTTCCGAAAGCAAAT
TCAAAACACGAAAATCGAAGTCGGGACAACATAACATATGACGGAGCGATAAGAATGAAA
TTTGGCGCTGACGAACACGGTAAGGCGGGGATATATTGGGCCTGTAGCCGCAGAGTGTTA
ATCGTGGAACAGTTGTTTTATTTGGCCGGAACTGCGATAAACAGAATGAGTTAATATTTG
TTCTGGAGCCGCCGGTGAGCTATTTCGGTGTTGTCACTTTGCTGATACTTATATTTGCGT
GGTGTGGGCACGCGACTCTGCTGTTATCGTTAAGCGATAGCGGAAAAGCGGCCTTGGAAA
TGGGTATGTTACTACATTTGTGAGCAAACAGTTTTATCAGTACGGATCGAATCTTGAAAA
CAAGCCTAAAATTGGAGTCTTGTTGTCCGTGGTTTAAACCGTCGTGAAATTGAGTCTACA
CGAGCAGGTGCAACAGGCAACTACTTTCGTACATCTGTAAACTACTTCGGCGAAACTTTT
AAATAAAATTTGAATCGAAACGTGGCGCGAGACCTCGGGCTCGGAGGAGTGGTGTTCCGT
ACAATGGCCGACATGGAAGGGCTTTCCGAATTGCACCAAATCGGTGCGGATTAACGCAAC
GGGATATCGGCCCGTGGACGCCCAAAGTCCCACCGAAATTAATAAGCTAATCCGAAGCAG
GTTTCGGAATCGTAACGCAGTAGTGTTATAGGAACCGTTAGAAAAAAAACTACTTTTGAT
TTATAAAAACATTCGCACCATTTTTAAAGCTAGCAATATTTAAAAAAATTAAAAACGAAT
TACGATTTTTTGGGGGTATAGTTGTAAGTTATTATGGTTTTGAAAAAAGTTTCGCTTTAT
AACAGCGATTATATAATGCCGAAACTGCAATGCGTTCGCTGTGCGCGCTAGTCGCCATTT
TGATGAATTTCCATCGAGTCAATATTATGCACGGGAAAAATATTTATACTTATCAAATAT
AAAGTATAGATGTGAAATACAGGTTAATTGTTTCTTATATAAAATAACCGCCCATATTAA
TATGTTTATAAATTTAAGTTTTAAACAAAATAAAAAAAACGTTGTTATTTATGTCATAAT
TTCTATTTTCAGTCACGAAAACATTTTTCCTCACGAATCAATTTTCTGTCTACTTTACTT
TTCCTTTCTGCAACTTTTTGCTTCTATTTTCAGTCCTTTGACAAAAATCGCTCAAAAACT
CTTCAGTATAGACTTAAATTTTCCTGAATATTTTGCTGGAGTAATTTGGATGACGACGGC
TCCCAAAATCCAAGAAATGTTTCGTCGATGCTACTATATACGTAATCGGGGAATCCCCCC
GCTTTTTTCCTTTTCTCGGCCATCGTGGGAACAAGGTTCGGTGGCCATTGTTGTTGCTCG
GTGTAGATCAGTGTTCCCGGAGAAAAAGTGACGGACCGTAGAGAAAAGTAACGGCCCAGT
TTGATAGAGCAACAAGCATTAAGTCCCAAGAGAGGAACTGTGGTATATTTAGATCACTAG
ATTTACTTGCATTGAGAAAGCAAGACACTTAAACGCATATTCCTTGATGGTGTATATGGC
ATACCAAAGTAGAAAATACGGTACAACTCGAAAAAAAACTATGTTTAATATTCGGTTACG
TTGCAGTATAATTTCAAGGTTTAAATTCTTTCCAGAGACACGCGTAATTTACATATAAAG
AGGCGTATATATATATTACATACGATGCGCTTATATACACAAATCTGTATATAGAGAGGG
CGTATAAACAAAATCAGGATTTTAAATATTTTTACATGGCATCACTGCTCTAAAGAATCG
GTTAACAATACCTGAATAGGGAGCCCGTAATGTATTGATTAAGACCCCGAAACAAAGCGG
AGAATTAGTATTAAAAAACAATATCGCTGCGGCAGCCTTTGTCGTTCAGCCTCGCTCGTA
AAATGACAGTAACCTAACGT





By clicking "SEND", you accept the terms of our Privacy Policy.

You may choose to prevent this website from aggregating and analyzing the actions you take here. Doing so will protect your privacy, but will also prevent the owner from learning from your actions and creating a better experience for you and other users.