- Region 'REG00000155'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-tubulin-beta2 -4135/200
Short name
n/a
Region ID
REG00000155
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Kusakabe team (2007-01-21)
Annotator
Clara Degos (2010-07-12)
Curator
Delphine Dauga (2010-04-08)
The M2 motifs are not necessary for the expression in the nervous cells.
Be careful, coordinates in the paper are different from ANISEED coordinates. We took the KH transcript model as reference.
Coordinates in the paper : -4300bp/-1bp
156,051160,385
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment | |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | n/a | tcatgacgtcata | [156,202 / 156,214] |
Aniseed Coordinates: [156,051 / 160,385] on scaffold KhL116
This Ci-tubulin-beta2 cis-regulatory region was found with blast on the JGI site with the Ci-tubulin-beta2 sequence (ci0100135737). The ORF is reversed.
Show sequence
Length: 4,335
GGCCAGCTTGCAGATGAACAATTTCTCGCATGATGAATAGAAACTAAAGATTGTTAAAAA
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