- Region 'REG00000047'
Cis-regulatory Region
Name
Ci-Hox3 -4200/174
Short name
n/a
Region ID
REG00000047
Status
Curated
Origin
natural region from C. robusta formely Ciona int. type A
Type of Activity
regulatory_region
(extended_promoter)
Author
Annamaria Locascio (2007-03-03)
Annotator
Jonathan Luchino (2007-03-25)
Curator
Delphine Dauga (2010-02-24)
JGI transcript model was taken as reference for the region's coordinates.
- Ci-Hox3 -4200/174 REG00000047 [ regulatory_region (extended_promoter) ]
- Ci-Hox3 -3000/174 REG00000266 [ regulatory_region (extended_promoter) ]
- Ci-Hox3 -3000/-2000 REG00000293 [ regulatory_region (enhancer) ]
- Ci-Hox3 -1500/174 REG00000294 [ regulatory_region (extended_promoter) ]
- Ci-Hox3 -2022/-1507 REG00000386 [ regulatory_region (enhancer) ]
- Ci-Hox3 -4200/-3000 REG00000267 [ regulatory_region (enhancer) ]
- Ci-Hox3 -3000/174 REG00000266 [ regulatory_region (extended_promoter) ]
9,905,0639,909,436
| Motif Name | Binding Factor(s) | Sequence | Position in Region | Comment |
|---|
Aniseed Coordinates: [9,905,063 / 9,909,436] on scaffold KhC1
This sequence was found with a blast on JGI version 1.0 with the sequence includes in the publication listed bellow. This sequence was not exactly the same in the publication, it seems that the publication lacks few nucleotides.
Show sequence
Length: 4,374
CAGCGGTGTTGCGAGGCTGTTTCGCCAAATCTGTCATTATAAATCAAACCGAAATTTAAT
AATAATCCATTAAATCTAGAAGCGTGGCTCGCAATATGTTAACAGCTTGGCGTAAAATTA
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