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CIS-REGULATION

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  1. Transcript 'Boschl.CG.Botznik201...'
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  4. Transcript 'KH2012:KH.C2.424.v1....'
  5. Region 'REG00000031'

Cis-regulatory Region

Name

Ci-vAChTP -3791/-1

Short name

n/a

Region ID

REG00000031

Status

Curated

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

regulatory_region
(extended_promoter)

Author

Kusakabe team (2007-01-24)

Annotator

Delphine Dauga (2010-01-15)

Curator

Delphine Dauga (2011-08-17)


Description

Data from DBTGR (Sierro et al., 2005). Region from -3791 to -1 from the start codon allows expression in neurons of the brain vesicle, the visceral ganglion and the dorsocaudal epiderm. Reference for promoter is: Yoshida, R., Sakurai, D., Horie, T., Kawakami, I., Tsuda, M., Kusakabe, T. 2004. Identification of neuron-specific promoters in Ciona intestinalis. Genesis (39): 130-140.

Construct(s) made to test this region

CONS00000211: pCi-vAChTP -3791/-1::EGFP

Overview of functional TF binding sites in this region

4,530,8634,534,652

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [4,530,863 / 4,534,652] on scaffold KhC1

This sequence was found using a blast on the JGI V1.0.

Show sequence

Length: 3,790

TTTTAAGCACACGTTCAAAAATTTAATAAAAGTTACAATAAGTTATTTAGCGATTTGCAC
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