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CIS-REGULATION

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  1. Region 'REG00000020'

Cis-regulatory Region

Name

Ci-arrestin -2965/-1

Short name

n/a

Region ID

REG00000020

Status

Curated

Origin

natural region from C. robusta formely Ciona int. type A

Type of Activity

regulatory_region
(extended_promoter)

Author

Kusakabe team (2007-01-19)

Annotator

Delphine Dauga (2010-01-11)

Curator

Delphine Dauga (2010-02-24)


Description

Region from -2965 to -1 from the start codon allows expression in cells of the left and right side of the brain vesicle (the photoreceptors of the ocellus on the right side).

Construct(s) made to test this region

CONS00000180: pArrestin -2965/-1::EGFP

Overview of functional TF binding sites in this region

3,001,8113,003,125

Motif Name Binding Factor(s) Sequence Position in Region Comment

Sequence

Aniseed Coordinates: [3,001,811 / 3,003,125] on scaffold KhC1

This sequence was found using a blast on the JGI V1.0.

Show sequence

Length: 2,965

CAACGCAAACTTTGTATTGTAGTCTTGTAGATATTTCCAACCACTAAATAACCTCAATGT
ATTGTTCAAAGTCTGGGTTTCAAACTTGAATGTACTTATTTTAGCAATTAATTTTACAGT
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